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快速檢測植物中基因複製數方法-微滴式數字PCR

近些年由於定量PCR(qPCR)技術獲得了突破性的發展,不僅結果更準確而且成本急劇下降。其相對與傳統Southern雜交技術極低的成本、極短的試驗週期以及較高的淘汰率(至少50%的轉化苗為陰性或多複製),使得應用qPCR檢測複製數成為了轉化出苗後排在首位的檢測專案。經過qPCR的篩選,後期基因表達、性狀鑑定、田間調查的任務量將大大縮減。

然而,由於qPCR檢測複製數的結果不像Southern雜交那樣絕對準確,它只能滿足“低複製”的檢測要求,至於“低複製”具體是一個還是兩個複製,qPCR將很難給出確定的結果,因此仍然需要後期Southern雜交技術的輔助驗證。

微滴式數字PCR(droplet digital PCR, ddPCR)技術的最大優勢是能夠確定核酸分子的絕對數目,因此它可能成為解決qPCR技術痛點的最好替代。該方法的應用將會使得複製數的篩選結果更加精準,從而導致整體篩選效率的大幅提升。

最近,美國農業部的科研人員以水稻、柑橘、馬鈴薯、玉米、番茄、小麥這六個轉基因技術廣泛應用的主要作物為物件,分別建立了適用的ddPCR檢測外源基因複製數體系。

這將為這些作物優異轉化體的創制工作帶來極大的便利,同時為ddPCR技術推廣到其他作物上提供參考。

參考文獻:

Collier R, Dasgupta K, Xing Y P, et al。 Accurate measurement of transgene copy number in crop plants using droplet digital PCR。[J]。 Plant Journal, 2017, 90(5)。