奏議留中會導致事情不明、大臣之間有所誤會，甚至造成大臣之間相互攻擊和詆譭，影響朝政正常執行。範鎮的奏議被留中，趙不知其上奏的內容所以對其有所誤會，兩人上奏互相爭論。“竊慮臣前後五奏留中，趙不知本末，至今交結毀臣不已。伏乞檢會前奏，並今狀降付中書，明辨施行，仍札示趙，免致小人陰相架扇，以中傷臣。”此外，奏議的留中會加劇朝臣之間的爭鬥，劉摯上奏稱自己彈劾蔡確的奏章雖然留中不出，但是蔡確已知道自己上奏的內容。雖然奏議被留中沒有下發，但是蔡確仍然因此想要報復自己。這樣的留中增加了朝臣之間的猜疑和爭鬥。

更有甚者

會因為奏議的留中從而對皇帝的治政態度進行隨意評價。例如蘇轍論廢黜青苗法的奏議皇帝留中不處理，而有的大臣則認為皇帝在義利之間更加註重利。“臣竊恐中外不知本末，但見臺諫之言皆留中不出，妄意陛下甘於求利，不恤細民。遠近傳聞，所損不細。”其次，自開朝以來奏章一般都是皇帝親理，這樣即使皇帝身邊有想專權的宦官或者外戚，也不會使其對朝政產生很大影響，然而奏議的留中使得朝政不明，會讓朝中滋生一些奸邪之人，而皇帝卻不得知。

“臣等近奏論尚書右丞許將因進擬管軍臣僚，議論反覆，意在傾奪。前後章疏，除已蒙降付三省施行外，皆留中不出。…今日事體與祖宗不同，祖宗親決萬機，廢置在己。雖使左右或有奸佞，亦未能妨害大政。”皇帝身邊的內侍官員對奏議的私自留中，使得皇帝都不知道該奏議的存在。 如果皇帝連臺諫官員的奏章也留中不下，這樣便會使得言路閉塞，朝廷政治的積弊由此而生。

傅堯俞不畏權臣所上的建言朝政

“若當而不行，不當而不黜，則上下茍且，廉恥道廢，風俗衰陋，國將從之。臣願陛下永惟邪正盛衰之漸，始於臺諫。修其官則聽其言；言有不當，隨事行遣，大者可黜，小者可罷。”傅堯俞認為皇帝對章奏留中不做處理有失公允，而且會使得皇帝在百官面前喪失權威。傅堯俞不畏權臣所上的建言朝政的奏章留中，使他十分的不滿，“臣忠憤所激，不顧權幸，謂陛下欣然收採，朝奏暮出，議法於繩墨之外，以整齊綱紀，而方留中不下，殊未垂納。此非陛下至公之道，且何以風厲百僚”

最後，奏議留中會成為官員政治鬥爭的工具。官員上奏的奏議留中不下，其政敵可能會偽造其奏疏，誣陷忠良。北宋官員鄒浩為官時，不懼權威，敢於直言，哲宗時，鄒浩上章反對立劉氏為皇后的奏議被宋哲宗留中。徽宗繼位之後，蔡京等人便偽造鄒浩當時所上章奏遞交給徽宗，其偽造的內容中說：（鄒浩曾上言說）哲宗和夏桀商紂一樣誤國，以及劉後殺害卓氏而奪其兒子等充滿針對性的言語，其利用鄒浩所上奏章議被宋哲宗留中，沒有人知道其具體內容這一點，偽造虛假的奏疏，來詆譭鄒浩，最後使得鄒浩被徽宗貶黜。

“（鄒）公之章留中不下，乃偽為之，加以抵誣不實之語，如取他人之子而殺其母之類。流佈中外，欲天下聞之。”前朝留中的奏議可能在後朝時給官員帶來災禍。仁宗時期，立儲之事已定。仁宗皇帝經常追思鄂王，因此，經常有一些官員、后妃等用言論熒惑皇帝，想讓皇帝對立宗實之事有所猶疑。

其中近臣所上的文字在皇帝的臥榻上

後來這些奏議已被焚燒。英宗即位之後，便懷疑蔡襄在仁宗得疾時期曾給仁宗上言不應立自己為皇子，所以對蔡襄百般不滿，想要罷免蔡襄三司使的官職。因此事，韓琦問皇帝是否有此事，上曰：“內中不見文字，然在慶寧即已聞之。”韓琦解釋說：“京城中素來有流言蜚語，皇帝不能因為這種沒有根據的事對大臣進行責罰。”曾公亮、歐陽修等人也紛紛上奏解救蔡襄。

最後：

曾公亮曰：“京師從來喜造謗議，一人造虛，眾人傳之，便以為實。前世以疑似之言陷害忠良者，非惟臣下被禍，兼與國家為患。”韓琦及曾公亮又各進說再次向皇帝解釋。但是，英宗卻還是認為當年蔡襄確實對自己有二心，遂下令命三司使、給事中蔡襄為端明殿學士、禮部侍郎、知杭州。奏議留中使得君臣之間產生隔閡，皇帝尚未見到奏章原稿便因為一些流言就對朝廷重要官員如此忌憚。如若真的有官員曾上言對當朝皇帝不利，又被皇帝知道，皇帝可能會對上奏這些奏議的官員做出更重的處罰。