清朝末年，各方勢力崛起，很多的百姓都不滿清政府的統治，雖然當時的情況並沒有三國時期的猛烈，也沒有戰國時期的動盪，但是清政府鎮壓了不少民族的起義反抗。

面對沉重的賦稅，很多的農民只能透過起義的方式來抵抗朝廷，鬧了個天翻地覆。陝西地區的回民也在沉默中爆發了，拿起了武器與清政府對著幹，要推翻這股壓迫勢力。然而回民軍卻逐漸喪失了自己的初衷，在內部少數人的煽動之下，他們的起義變成了對漢族的報復與仇殺。

這支起義軍的動靜鬧得越來越大，陝西地區離北京城很近，清朝的統治者們大都人心惶惶，擔心回民的這次起義與南方的太平天國實力相當，難以把他們壓制下來。而當眾人都在擔憂害怕的時候，左宗棠沒有退縮，他被朝廷派到了前線，在陝西地區除了回民軍之外還有同期對抗清朝廷的捻軍，剛到達戰場的左宗棠很快就陷入了困境。

這些造反的農民從起義的義士變成了擾亂地方安定的暴民。左宗棠自知帶領的軍隊實力很一般，根本無法與這些強悍的回民相抵抗，所以，他決定先從捻軍開始一一擊破。同治六年，左宗棠成功擊退捻軍，這些想效仿太平天國的起義軍終於堅持不住投降。

打退了捻軍之後，接下來就是艱難的回民問題了。由於陝西一帶地形錯綜複雜，左宗棠根本不熟悉地形，可他並不慌張，反而是冷靜地組織人手把一些小地方先平定下來，並且在當地推行代田法、區田法，讓當地的農民能夠恢復正常的生活，並向朝廷申請撥款接濟一些貧窮飢餓的百姓和歸降者。左宗棠所推行的這些方法，一定程度上幫助陝西地區的百姓解決解了基本的生存問題。

可回民的進攻還在不斷進行著。同治九年，左宗棠得力的部下劉松山陣亡，給朝廷方面不小的打擊。其後，回民軍不斷進犯陝西地區，可惜這些部隊缺乏統一的指揮，最終還是被清軍剿滅了。

左宗棠還是決心要攻克金積堡，重新調兵回到金積堡，終於大獲全勝。而馬化龍父子也在三月份的時候向清軍投降了，左宗棠帶著他的兵馬一同回到了京城。最後的回民部隊也在馬佔鰲的帶領下向清政府投降，左宗棠在打仗之時就十分欣賞他們的戰鬥力，後來把投降的馬佔鰲部隊收歸在自己的軍中。

左宗棠用了六年的時間，陝西地區才重獲和平。一年後，也就是同治十三年。左宗棠由於長期在陝西一帶作戰，對那裡產生了深厚的感情，而且跟隨他的將士們大多安葬在這個地區。在左宗棠的請求下，陝西和甘肅的科舉考試分開進行，更多的陝西考生能夠得到機會，或許這對他來說，是浴血奮戰了六年最好的回報。