643年，侯君集力勸李承乾謀反，找到李承乾便說：“太子，如今魏王受陛下恩寵超過你的太子地位，你就不怕儲君易手他人？”這是侯君集覺得李承乾無能，擔心重演李建成的悲劇，所以就建議李承乾學李世民效仿“玄武門之變”。

一直擔心太子位置被魏王李泰取代的李承乾，聽了侯君集的話後更感到岌岌可危，問道：“那我該怎麼辦？”侯君集便走到李承乾耳邊小聲答道：“殿下，若不想成為前太子，您應該先下手為強把魏王……”

侯君集言外之意，要太子不要做第二個李建成，魏王李泰不能讓他成為第二個李世民。怕與太子謀反一事洩露，侯君集驚得常常晚上睡不著，他的夫人見此對他說：“你是社稷大臣，每天晚上這樣，一定是有什麼事。如果你做了什麼對不起社稷的事，應該自己到陛下面前去領罪，這樣才能保全自己。”

侯君集聽不進去夫人的話，還怪他的夫人說道：“你一個婦道人家懂得什麼！”李承乾謀反一事終究敗露，而侯君集與太子李承乾謀反的計劃也被人告發，告發侯君集謀反的不是別人而是他的女婿，在太子東宮任職的賀蘭楚石。

李世民難以置信，親自審問侯君集，但是又不忍心殺他，對群臣說：“侯君集有安定國家的大功，朕不想治侯君集的死罪。”626年，“玄武門之變”侯君集也參與其中，李世民登基後封他為潞國公，賜邑千戶，在貞觀四年，李世民又拜侯君集為兵部尚書，曾大破吐谷渾，率唐軍二千餘里滅高昌王國，因私自將高昌國寶物據為己有下獄囚禁，後被李世民下詔釋放。

大臣聽了李世民想赦免侯君集的死罪，紛紛進諫說：“侯君集的罪天地難容，太子有謀反之意乃侯君集所為，大唐律凡謀逆者不可饒恕。”在李承乾謀反前，李世民另一個兒子齊王李佑謀反時，李世民可沒有多想就下詔賜死了李佑。既然群臣都不答應，李世民唯有將侯君集處死，臨刑前李世民非常難過問侯君集：“以後，朕只能去凌煙閣看你了，你還有什麼話說嗎？”

大臣謀反當屬夷族，可侯君集卻向李世民請求說：“陛下，罪臣沒有什麼話可說，請求陛下赦免我的家人，好讓我侯君集的妻兒在我死後，好為我守喪。”李世民同意了，將其妻兒流放嶺南，隨後李承乾被廢流放黔州，參與其中的漢王李元昌下詔賜死，杜如晦之子杜荷和李安儼與侯君集被斬首。

侯君集作為從唐朝建立前就追隨李世民征戰四方，屢立戰功，在玄武門之變又封國公官至兵部尚書，頗受李世民所囂重。最後走上謀反之路純屬侯君集自找的，據說李世民要李靖教侯君集兵法時，李靖就說過：“侯君集意不在人，必將謀反。”

原來李靖教侯君集兵法時，因為每到精微之處，李靖則不教授，侯君集就說李靖謀反，在李世民責問李靖時，李靖就說道：“這是侯君集想要謀反。如今天下安定，我所教他的兵法，足以安制四夷。如今侯君集求學盡臣的兵法，是他將有異志啊。”甚至有一次，散朝後回尚書省，兵部尚書侯君集騎馬越過省門數步尚未被衛兵發現。李靖見到這種情況，便對身邊人說：“侯君集意不在人，必將謀反。”

導致侯君集謀反還得從貞觀十四年（640），滅高昌國自以為立下大功卻因為貪財而被囚禁一事講起。公元643年，太子詹事張亮改任洛陽都督，就要出任洛陽都督，侯君集見此來問道：“怎麼會遭到排擠？”

張亮也是玄武門之變的功臣之一，在凌煙閣二十四功臣中比排在位列十七的侯君集還靠前，位列十六，張亮不假思索答侯君集說：“如果因為公務在外做官就是遭到排擠，那麼誰才是最冤枉的？”此時侯君集早就因為高昌國一事被削職閒職在家而感到不快樂，只見他對張亮發牢騷說：“我侯君集平定一個國家，我不就貪了點小財，班師回朝後惹得陛下大怒，怎麼不是排擠？”

接著侯君集又挽起袖子說道：“這樣子活不下去了，你能造反嗎，要是可以，我和你一起造反。”而張亮也把和侯君集的對話一五一十說給了李世民，李世民沒有去調查對張亮說道：“你和侯君集都是功臣。這些話侯君集只告訴給了你一個人，到時候他不認賬，你也拿他沒辦法。”於是李世民將這件暫且放下，對待侯君集還是和以前一樣。

後來，果真李靖所預言，張亮所言，侯君集真的要謀反，不是別人，而是和太子儲君李承乾意欲謀反策劃逼宮，曾榮耀至極的侯君集因自己的不歸之路也難逃。