英法百年戰爭接近尾聲時，法國的勝勢已不可逆轉。戰場上的有利局面使法國的王權得到了加強，王室也開始干預領土內的任何事情。

1438年，為了加強對教會的控制，查理七世頒佈了“布魯日國事詔書”。詔書宣稱宗教會議的權力高於教皇，有權任命主教等高階神職人員及修道院長，可以不向羅馬繳納上任年貢，上訴羅馬的宗教案件必須經過初審。

布魯日國事詔書在一定程度上限制了教廷的人事、財政和司法權，為建立法國民族教會奠定了基礎。

1512年，法國人文主義者戴塔普爾提出“唯信稱義”思想，認為人只有靠信仰才能得救，不能靠善功、聖禮和神職人員。但戴塔普爾並不完全否認教皇和教會的作用，他自己也是虔誠的天主教徒。

1516年，戴塔普爾與法萊爾、莫城主教威廉·布利松涅等人在莫城組成了“莫城小組”。這個小組倡導人們用法語做禮拜，並宣講福音、撤去聖像，在莫城產生了重要影響。

小組的活動還得到了弗朗西斯一世的妹妹瑪格麗特的支援，她不僅為莫城小組提供便利，還為他們提供庇護。戴塔普爾的很多弟子後來成了新教徒，成為了宗教改革中的一支重要力量。

同年，法王弗朗西斯一世於教皇利奧十世簽訂了博洛尼亞協定，獲得了任命法國高階神職人員的權力，從而控制了法國教會的大部分財產，使教會變成了國王手中的玩物。

1519年，馬丁·路德的著作在巴黎公開出售，弗朗西斯一世十分贊同書中“政權高於教權”的思想，並公開支援德國的新教諸侯反對德國的政權。但當本國新教徒開始行動時，弗朗西斯一世立即慌了手腳。

1534年10月，宣傳宗教改革的傳單竟然貼到了王宮的大門上，史稱“傳單事件”。弗朗西斯一世看到政權受到了挑戰，立即對國內新教徒採取鎮壓政策。

1545年，弗朗西斯一世屠殺了大約三千新教徒，其中包括很多婦女和兒童。繼任的亨利二世變本加厲，設定了專門迫害新教徒的“火焰法庭”。16世紀40年代起開始在法國境內流傳的加爾文教，對中央政府的殘酷手段十分不滿。

加爾文教立足於南方的普羅旺斯和朗格多克，吸引了具有分立情緒的貴族和一部分資產階級分子。進入16世紀50年代後，各地的加爾文派紛紛建立獨立的組織，如巴黎、莫城、奧爾良、里昂等地。為了擴大影響力，加爾文派讓經過培訓的牧師潛回國內進行宣傳，並不斷吸收新的信徒。

1559年5月，巴黎市郊的聖日耳曼彙集了大批加爾文教徒。經加爾文的倡議，法國加爾文教徒舉行了首次代表大會，併成立了法國新教會。這些新教徒又被稱為“胡格諾”，即“同盟者”的意思。

1559年7月，亨利二世去世，15歲的太子弗朗西斯二世即位。由於弗朗西斯二世體質較弱，大權落到了兩位叔叔手裡，即吉斯公爵、王國軍隊統帥弗朗西斯和他的弟弟洛林紅衣主教查理。

弗朗西斯和查理掌握大權後形成了吉斯集團，表示要捍衛天主教的地位。而波旁家族的那瓦爾國王安託萬和他的弟弟孔德親王路易，以及夏蒂隆家族的海軍上將科里尼高舉加爾文教的旗幟，組成了胡格諾集團，與吉斯集團公開對立。

1560年12月，16歲的弗朗西斯二世去世，10歲的查理九世即位，太后凱瑟琳攝政。凱瑟琳為了維護王權和君主專制制度，準備調解兩大集團的矛盾，或者拉攏一派消滅另一派。

1561年，經凱瑟琳倡議，新舊教神學家在普瓦西舉行了會議。次年1月，凱瑟琳頒佈了敕令允許胡格諾寶田在城外多禮拜。但凱瑟琳的努力沒能化解信仰上的衝突，更何況矛盾的實質本就不在信仰問題上，兩大集團最終爆發了“胡格諾戰爭”。

1562年3月1日，吉斯公爵在瓦西鎮襲擊了正在舉行禮拜的胡格諾教徒，使胡格諾教徒死傷二百餘人。時間發生不久，土爾、桑斯和圖魯茲等地出現了屠殺胡格諾新教事件。南方的胡格諾貴族集團聞訊大怒，立即調集兵馬準備與吉斯集團展開決戰。

吉斯集團也排兵佈陣，準備給對手來個迎頭痛擊。宗教戰爭的序幕終於被拉開了。1562年12月，兩大集團在巴黎附近的德勒展開激戰，吉斯集團在戰爭中遭到重創。此後不久，胡格諾集團的安託萬和吉斯集團的費朗西斯相繼戰死。

1567年11月，孔德親王路易起兵包圍巴黎，他得到了德國巴拉丁伯爵的援助，與吉斯集團阿紫巴黎北郊的聖德尼斯展開血戰。

經多方調解，交戰雙方一度達成停戰協議。但1569年3月戰端又起，兩大集團在雅爾納克殺得天昏地暗，寄過胡格諾集團的路易戰死，科里尼率殘部退回南方的狼哥多克。

凱瑟琳再次出面調解，並於1570年8月簽署聖日耳曼和解敕令，允許胡格諾信仰自由。同時她還將法王查理九世的妹妹瑪格麗特嫁給了那瓦爾王子亨利，義鞏固這種關係。

科里尼因受到查理九世的信任進入了宮中，參與國家各種大事。但他打擊西班牙的外交政策，引起了凱瑟琳的不滿。

1572年，那瓦爾王子亨利即位那瓦爾國王，成為胡格諾集團新的領導人。

同年8月，亨利前往巴黎與瑪格麗特公主完婚。但8月24日聖巴特勒穆節發生了流血事件，胡格諾教派的許多顯要人物被殺，那瓦爾國王亨利被軟禁在盧浮宮。

1573年6月，查理九世簽署拉羅舍爾和約，胡格諾教徒再次爭取到了信仰自由。