總督這個官職起源於明朝，一開始是因事而設，事畢則撤，比如剿匪、救災之類的事務，可能一省的力量搞不定或者牽連數省，那就從中央派一個大臣去總督數省，等把事情解決了再回來。

兩廣總督也是典型的因事而設，兩廣地區（今廣東廣西和海南）在明朝一直不怎麼太平，瑤民和僮民屢屢掀起起義，明朝的地方制度原本是承宣布政使司、都指揮使司和提刑按察使司三司，三司互不統屬，不利於鎮壓起義，從永樂年間就開始設定廣西巡撫和廣東巡撫，節制三司，以一省之力鎮壓起義。

到正統和景泰年間，兩廣的瑤民、僮民不堪剝削，再度發起起義，廣東總兵和廣西總兵誰也不想拼命，把責任推給對方，導致局勢迅速惡化。

為了鎮壓起義，兵部尚書于謙建議景泰帝派總督出鎮，第一任兩廣總督王翱走馬上任，總督兩廣軍務，負責鎮壓起義。

此時的兩廣總督只是為了戰事而臨時設定，沒有固定的駐地，一般是前線推進到哪裡就往前挪一點。

王翱在任上剿撫結合，使得兩廣地區迅速穩定下來，兩廣總督也完成任務唄撤，取而代之的是兩廣巡撫。

巡撫主要偏向於管理政務，很難指揮兩廣軍隊，一有叛亂，兩廣總兵還是踢皮球。到了成化年間，瑤民、僮民再度起義，朝廷只得派出韓雍總督兩廣軍務，由於鎮壓戰爭的持續，導致兩廣總督沒有事畢則撤，總督逐漸成為定製。

定製就得有固定駐地啊，總不能三天兩頭搬家吧，兩廣地區中，廣西的山地比較多，是起義軍的主要活動地，也是明軍鎮壓起義軍的前線，所以兩廣總督沒有駐紮在大城市廣州，而是駐紮在兩廣之交的廣西梧州。

由於總督一般是中央官員赴任，從北京前往梧州的路線一般都要經過廣東肇慶，有些時候起義軍勢大，兩廣總督乾脆不去梧州，就坐鎮肇慶指揮，等到局勢稍為穩定後，才到梧州坐鎮。

兩廣總督在梧州駐紮了一百多年，到嘉慶年間廣東也出了亂子，兩廣總督駐地乾脆遷往肇慶。崇禎年間廣州飽受海盜騷擾，兩廣總督也曾短暫駐紮在廣州。

明朝滅亡後，清朝沿用了總督制度，清初兩廣戰亂頻繁，兩廣總督的駐地也是變來變去，到乾隆年間，天下早已大定，兩廣地區也不見明朝時的頻繁起義，總督平叛的作用減弱。

更重要的是，經過兩百多年的發展，總督已經從明朝的軍事派出機構變成地方行政區劃，管轄一省或兩省，要管轄這麼大的地方，駐地往往是放到大城市，而在兩廣地區，長期以來就有個碾壓其他城市的大城市——廣州。自然而然的，和平時期的兩廣總督就駐紮在廣州了。