後世提及蔡邕，除了讚歎一聲他有一個十分出名的女兒蔡文姬外，還對蔡邕的死感到莫大的遺憾。雖然在《三國演義》中曾提及，蔡邕在聽聞禍亂朝綱的董卓去世後，竟然不顧旁人的看法，趴在董卓的屍體上放聲大哭，因此被人認為是董卓的餘黨，後來他被王允下令誅殺。在《後漢書》中，蔡邕得知董卓去世後的狀態有兩種，一種說的是蔡邕在得知董卓去世後，嘆了口氣，另一種說的則是蔡邕不僅感嘆，而且神色有異。不管怎麼說，蔡邕在得知董卓去世的訊息後，還是當眾出現過神色或者舉止的異常。

但即便如此，也不能說明蔡邕與董卓之間有多大的關係。雖然董卓在掌控朝廷之後，曾為了給自己造勢，重用了一批頗有名聲的名士，而蔡邕就是當中的一人。但實際上，蔡邕是被董卓強招入宮，剛入宮時，蔡邕為祭酒，三日之內，歷任侍御史、治書侍御史、尚書、侍中和左中郎將等職，還被封為高陽鄉侯。但蔡邕並不喜虛名，反而對董卓頗為厭惡，是董卓以蔡邕家人性命相要挾，才迫使蔡邕入朝為官。因此董卓對蔡邕並沒有知遇之恩。

正因為兩人之間並無關係，因此蔡邕絕不會做出趴在董卓屍體上痛哭這等事情來。而蔡邕當時發出一聲嘆息，或許是在感慨這樣一位惡人竟然真得就這樣被誅殺了，是一種下意識的行為，王允卻因為蔡邕的這個反應而將蔡邕置於死地，是王允個人的情緒與思想在作祟。

王允之所以要設法誅殺蔡邕，就是因為蔡邕是當時的大家。蔡邕精通音律，才華橫溢，除了通經史、善辭賦之外，又精於書法、擅篆、隸書，尤以隸書造詣最深，再加上蔡邕在入朝為官後身處高位，只怕去世後將名留青史。相比之下，王允雖然參與誅殺董卓的活動，但在其他方面他完全不是蔡邕的對手。畢竟但凡出類拔萃的文人，暗中都是相互記恨的。而正因為王允處處不如蔡邕，才會想方設法地給蔡邕設下罪名，並想方設法地將其處死。

筆者認為，王允當時處死蔡邕，完全是出於一己之私，畢竟王允給蔡邕安插的罪名，明眼人一看就知曉是在給蔡邕潑髒水。即便當時蔡邕沒有發出一聲嘆息，臉上也沒有什麼神色的變化，王允也一定會以其他事情為由，將蔡邕處死。