儘管已經有些發表的文章比較了不同的從石蠟塊中提取DNA的方法（見Sepp et al。1994），然而。

根據我們的經驗，最好是使用市售試劑盒從石蠟包埋組織提取DNA。常規脫蠟後用二甲苯或商業產品，例如QIAamp DNA Mini Kit （QIAGEN）、BiOstic FFPE Tissue DNA Isolation Kit （MO BIO Laboratories），或QuickExtract FFPE DNA Extraction Kit（Epicentre Biotechnologis/llumina），DNA 可以被提取出來。

使用試劑盒，甚至可以從固定了長達17年的組織中成功提取出DNA。已經有報道其他研究者從更老的石蠟塊中分離DNA。但是，提取的DNA往往是高度退化，尤其是當組織在包埋前被非緩衝福爾馬林固定了很長一-段時間（如12~ 24h）。

在一般情況下，從石蠟包埋的甲醛固定組織中提取的DNA只能用於PCR模板，而且擴增片段大小少於120鹼基。

雖然得率低於微克級別，但DNA足以用於基於陣列的分析，例如，llumina 的基於SNP的雜合性丟失分析（ Barker et al。2004； Lips et al。 2005； Oosting et al。 2007），或者用於分析腫瘤細胞中DNA啟動子突變的Sequenom‘s OncoCarta系統（McConnaill et al。 2009）。

聚乙二醇（PEG）是一個簡單的重複單元H（OCH2CH2），0H的直鏈聚合物。