明朝的復興形勢本來一片大好，結果南明朝廷的內訌打破了這一切。順治五年（1648年），鄭彩無緣無故擊殺大學士熊汝霖，又逼迫鄭遵謙投海而死。朱以海得知後大怒，用假裝跳河的招數威脅鄭彩，虧得左右侍臣和鄭彩趕忙勸阻，最終殺了鄭彩手下十餘人才算了事。

朱以海不甘心成為鄭彩的傀儡，於是任命兵部尚書錢肅樂接任大學士，負責朝政票擬，不料，鄭彩多次欺壓錢肅樂，導致錢肅樂嘔血而亡。鄭彩排除異己的行為最終導致南明取得的大部分地區又被清軍奪走。

順治六年（1649年）正月，張名振攻取健跳所，朱以海遂到健跳所居住。張名振效仿諸葛亮的“隆中對”，建議朱以海先取舟山作為根據地，這樣的話，朱以海和大臣們就不用一直住在船上了。同年9月，舟山群島局勢得到穩定，朱以海奮戰數年，終於有了一個復興基地。

在舟山站穩腳跟後，朱以海重新整頓朝綱，對各級官員都進行了合理的調配，並在軍事上重新做了部署，預想等清軍一旦勢弱，就反攻大陸。此外，他還一度遣使前往日本尋求援助。

順治八年（1651年）八月，清朝總督陳錦等率兵攻舟山。九月初二城陷，朱以海在張名振的陪同下，赴廈門依靠鄭成功。鄭成功原為隆武政權的堅決支持者，不滿朱以海大敵當前還與隆武帝自相殘殺，削弱了抗清的力量，但念朱以海是明朝宗室，還是以禮相待，安排他居住於金門。

順治十八年（1661年），朱由榔在雲南遇害。張煌言上書朱以海繼承大統，但由於鄭成功與鄭經的不支援，最後不了了之。鄭成功死後，朱以海一度無人供奉。康熙元年（1662年）十一月十三日，朱以海在金門被活活餓死，結束了他坎坷的一生。