最大的兩次修繕，分別是明成化元年（1465年），以及1969年，明天順元年（1456年）連年饑荒，流民逐漸增多，湖廣一代春夏瘟疫爆發，死傷兩萬餘人，明朝第七位皇帝朱祁鈺，殫精竭慮，但依舊未能挽救走下坡路的明朝。

同年承天門，又遭遇天雷轟擊，流民百姓都認為是上天憤怒，紛紛聲討朱祁鈺，景泰八年（1457）年，朱祁鈺病重，奪門之變爆發，明英宗復位，改元天順，明英宗廢朱祁鈺為郕王，由於朱祁鈺是唯一沒有被葬入明十三陵的皇帝，又是兩帝並存，他的正史也不被承認，元號景泰，也被天順所取代。

明英宗復位之後，又先後平定了石曹之亂，為了銘記土木堡之變及八年的軟禁，助他復位了承天門也一直沒有修繕，直到他兒子朱見深繼位，1464年他登基之後，就恢復了朱祁鈺的皇帝尊號，還命蒯祥重建承天門。

此時重建的承天門由原來的東西寬5間，南北進深3間，擴大為寬9間，進深5間，形制上由原來的牌坊式改建成宮殿式，這次的重修，也奠定了今天的天安門，建成之後，朱見深，還舉行了一次祭祀儀式。

第二次巨大的修繕就是，1966年4月，邢臺發生大地震，天安門的對城樓內的五架樑都被震裂了，這次地震也引起了相關部門重視，為了徹底解決這一隱患問題，他們打算將舊城樓全部拆除重建，按照原來的形制進行重修。

1969年12月15日才開始動工，前前後後用了將近3年的時間規劃，1790年4月7日，新的天安門正式落成，重建的天安門城樓比實際城樓要高83釐米，也將原勾頭滴水瓦頭的龍紋改為葵花紋，這一次的修繕大大增加了9度抗震能力。

不過在拆除天安門的瓦礫時，工作人員發現了一個金絲楠木的盒子，年代非常久遠，考古學家聽說之後，立刻趕了過來，開啟後，裡面放著一個金元寶、一個紅寶石、一堆五彩糧，他們認為這是用來祈福的。