因為有三個皇帝沒有葬在明十三陵。

明朝開國皇帝朱元璋，建都於南京，死後葬於南京鐘山之陽稱“明孝陵”。第二帝朱允炆（建文帝）因其叔父朱棣以“靖難”（為皇帝解除危難）為名發兵打到南京，建文帝不知所終。

有人說出家當了和尚，總之是下落不明（這在明朝歷史上是一個懸案），所以沒有陵墓。第七帝朱祁鈺，因其兄英宗皇帝朱祁鎮被瓦剌所俘，宮中無主，在太后和大臣的旨意下即了帝位。

後英宗被放回，在心腹黨羽的策劃下，搞了一場“奪門之變”，英宗復辟，又坐了皇帝。朱祁鈺被害死，英宗不承認他是皇帝，將其在天壽山區域內修建的陵墓也給搗毀了。

而以“王”的身份將他葬於北京西郊玉泉山。這樣，明朝十六帝有兩位葬在別處，一位下落不明，其餘十三位都葬在天壽山，所以稱“明十三陵”。

沒有葬在明十三陵的三位皇帝：

1、朱元璋

明太祖朱元璋（1328年10月21日-1398年6月24日），濠州鍾離（今安徽鳳陽）人 ，漢族，字國瑞，原名重八，後取名興宗，參加郭子興軍改為現名朱元璋。中國古代政治家，戰略家，軍事統帥，明朝開國皇帝。

洪武三十一年（1398年），朱元璋病逝，享年71歲，廟號太祖，諡號開天行道肇紀立極大聖至神仁文義武俊德成功高皇帝，葬明孝陵。

2、朱允炆

朱允炆（1377年12月5日—？），明朝第二位皇帝，明太祖朱元璋之孫、懿文太子朱標次子，1398年6月30日－1402年7月13日在位，年號建文，故後世稱建文帝，又作朱允文、朱允汶。

朱允炆于靖難之役後下落不明，誰也不能肯定他是否真的被燒死了；後來對他的帝業抱同情心的歷史學家們都說他喬裝成和尚逃離南京。

當時官方的記載當然只能說皇帝及其長子已死於難中；否則，燕王就不可能名正言順地稱帝了。朱允炆最後的真正命運仍然是一個謎。

3、朱祁鈺

朱祁鈺（1428年—1457年3月23日），即明代宗，明宣宗朱瞻基次子，明英宗朱祁鎮異母弟。母賢妃吳氏，明朝第七位皇帝，在位時間1449年―1457年，年號景泰（1450年—1457年）。

景泰八年（1457年）正月，奪門之變爆發，明英宗復位，改元天順。二月，明英宗廢朱祁鈺為郕王，軟禁於西苑。不久朱祁鈺去世，享年三十。明英宗上諡號曰戾，按親王禮葬在北京西山，即景泰陵。