按照陳壽在《三國志》裡的說法，司馬遷之所以會被漢武帝閹割，其實是因為兩件事。《三國志·魏書·王肅傳》這樣記載：“漢武帝聞其述史記，取孝景及己本紀覽之，於是大怒，削而投之。於今此兩紀有錄無書。後遭李陵事，遂下遷蠶室。此為隱切在孝武，而不在於史遷也。”

太史公司馬遷

第一件事說的是，司馬遷在編寫《史記》過程中，漢武帝聽說了這件事，於是讓司馬遷把他父親漢景帝和他自己的傳記拿來看。結果看完之後，漢武帝大怒，認為司馬遷在書中對他和他父親的描述有詆譭之詞，相當的不敬，於是他讓人削去竹簡上的文字，然後丟掉了竹簡。

漢武帝劉徹

至於司馬遷到底如何詆譭漢景帝和漢武帝的，今天已經沒人知道了，因為流傳至今的《史記》版本里確實沒有漢景帝和漢武帝的本紀。司馬遷在這件事情上嚴重的得罪了漢武帝，因此漢武帝一直在尋找機會報復司馬遷，直到李陵事件的發生。

與司馬遷被閹割相關的第二件事就是李陵投降匈奴事件，這件事直接導致了司馬遷被判處死刑。

李陵是飛將軍李廣的孫子，李廣當年就曾多次與匈奴作戰，戰功顯赫。李陵的叔父也曾經追隨驃騎將軍霍去病徵戰漠北，李陵的父親也曾經是一名軍事將領，因此李陵可以說出身於軍人世家，所以他還是少年的時候，就在朝廷擔任武官。

飛將軍李廣

雖然李陵有顯赫的家庭背景，但是李陵本人的實戰經驗並不豐富。早年間，他曾經帶領八百騎兵越過居延海，深入匈奴境內兩千多里勘察地形，但是並沒有碰到過一個匈奴兵。後來他就在河西走廊一帶訓練軍隊，同時戍守邊關。但是基本沒有與匈奴軍隊直接交手。

漢武帝天漢年間，漢朝與匈奴關係再度惡化，先是以蘇武為首的漢朝使團被匈奴扣留，後來漢朝對車師用兵又遭到匈奴阻撓，於是漢武帝命令貳師將軍李廣利出兵攻打匈奴。鑑於李陵戰爭經驗比較缺乏，漢武帝僅安排他為李廣利部隊做後勤工作。

被匈奴扣留的蘇武在北海牧羊

但是李陵年輕氣盛，主動要求帶領自己訓練的五千士卒與匈奴交戰。漢武帝同意了李陵的請求。然而，由於沒有軍馬，李陵只能率領五千步兵深入沙漠。在阿爾泰山附近，孤軍深入的李陵與匈奴單于帶領的三萬騎兵遭遇。

雙方交戰之下，匈奴軍隊損失數千人。單于大驚，連忙召集附近的軍隊一起參戰，匈奴騎兵達到了八萬人。李陵寡不敵眾，節節敗退，最終被匈奴軍隊包圍，五千軍隊僅有四百多人突圍成功，李陵被俘，隨後投降了匈奴。

連環畫裡的李陵

這一仗的失利，李陵當然有責任，但是漢武帝輕敵導致的決策失誤也是戰爭失利的重要原因。

李陵降敵的訊息傳回長安，漢武帝震怒，他寧願看到李陵壯烈殉國，也不願意看到他被俘投敵，大漢帝國顏面掃地。朝廷上，群臣也議論紛紛，都認為李陵叛國有罪，應該誅滅其家族。這時司馬遷站出來替李陵說公道話，他認為，李陵儘管降敵，但是他在這次戰鬥中以五千士兵對抗強敵的情況下，尚能殺死一萬多匈奴兵，已經很了不起了。他最終兵敗是因為弓箭等武器都用光了，而援兵遲遲不到才導致的。考慮到李陵以往的表現，司馬遷覺得李陵應該是假意投降，最終會尋找機會迴歸漢朝。

傳說楊令公最終撞死在李陵碑上

漢武帝聽司馬遷這麼說，更加惱怒，他覺得司馬遷替李陵出頭的目的是詆譭貳師將軍李廣利的功績，進而指責他本人用人不當。原先他就覺得司馬遷在《史記》裡對自己有所詆譭，如今李陵事件讓他對司馬遷更加惱怒，於是他命人將司馬遷投入大牢，以欺君的罪名判處他死刑。

在漢朝，如果一個人被判處死刑，有兩種方法可以免死，一種方法是上交五十萬錢作為贖命的錢，另一種方法就是接受閹割，司馬遷沒錢，只好接受閹割。

後人常將李陵與蘇武做對比

儘管為了完成《史記》司馬遷被迫接受閹割，但是他自己也認為這是奇恥大辱，在給朋友的書信中，他這樣寫道：“禍莫憯於欲利，悲莫痛於傷心，行莫醜於辱先，而詬莫大於宮刑。刑餘之人無所比數非一世也。”

最後說說李陵吧，他投敵後不久，有人向漢武帝誣告李陵在幫匈奴人練兵，漢武帝於是下令處死李陵整個家族，李陵從此心灰意冷，在異國終老。