兩京制在明代以前就已經存在，可以追溯到西周時期，經歷了漢、隋唐和宋等朝代的發展。但是明朝的兩京制和之前的相比是有所創新的，這就是它在南京和北京各設有一套中央行政機構，也就是題主所說的兩個朝廷。那麼兩京兩個朝廷是否會造成朝廷的混亂呢？

明朝建國之初，即洪武元年（1368年）八月，朱元璋下詔將金陵定為南京，大梁（也就是今天的河南開封）定為北京。洪武二年（1369年）九月，朱元璋又出於私心，將自己的家鄉也就是今天的安徽鳳陽定為中都，這樣就形成了兩京一都的格局。

鳳陽完全是因為太祖的家鄉才被納入考慮範圍內的，它地域封閉、資源匱乏、災害頻發，顯然不適合作為都城。大梁作為宋代的古都，在位置上相比偏北，只是期望作為控制北方的一種權宜之策，當時四面受敵，也不適合作為都城。相比之下還是南京更適合作為都城，所以最終兩京一都的格局瓦解，南京的都城地位正式確立的下來。

後來也考察過西安、洛陽、北平這些地方，但是這個時候太子朱標病逝，朱元璋也老了，對此事力不從心。何況當時的南京佔據著人口和經濟優勢，北方又有藩王鎮守，一切都很安定，朱元璋不想折騰了，定都之事也就告一段落。

一是因為他自己的興王之地是北京，畢竟是奪來的皇位，與正統觀念不符，遷都北京能夠削弱建文帝的影響，穩固自己的統治。二是北方由於朱棣的大力削藩，造成邊防空虛，蒙古殘餘勢力侵擾，邊境不寧，定都北京可以親自鎮守邊關。三是作為元朝的大都，能夠繼承元朝版圖，建立一個以北京為中心的天下秩序。

遷都北京後，因為考慮到江南地區的財富，所以還把南京保留著。後來仁宗、宣宗繼位時，又對都城的選擇造成了反覆。這與當時的經濟原因還有皇帝的個人情感不無關係。但是最終在英宗繼位以後，以北京為首都、南京為留都的兩京制才最終確立下來。

南京也有一套完整的行政機構，表面上看，他們和北京的機構一樣都是中央的，官員也可以叫做京官，但是其實沒有實權，還是受到北京的管制和監督的。

留都南京的機構事實上行使的權力只能管南京還有南直隸地區，一般來說其他的地區它是管不到的。他的六部只管南京的事務，實際上相當於地方機構。北京就不一樣了，北京的六部掌管著天下各個地方（包括南京和南直隸地區）的事務，所以在機構管轄上南京就受到北京的制約。

再者，南京機構是沒有決策權的，他的奏章要先給北京的相關機構看了，然後才能給皇帝，皇帝稽核透過才下詔讓南京的機構去執行。所以南京事實上權力很有限，政令主要是由北京來出。

但是南京也並不是一無是處的，之所以保留南京，也是因為它還有一定的地位和價值。最顯著的就是它經濟中心的地位，因為全國經濟重心的南移，南方的經濟發展遠高於北方。南京作為留都承擔著發展江南的經濟、徵收賦稅的重任。但這些都不足以威脅經過長期建設的都城北京的地位。

作為備選都城，或可在北京城受到入侵時作為臨時都城，可以作為抗擊倭寇的指揮中心，接納移民以及外放的北京官員等等。起到對北京都城功能的補充作用。

總之，明代的兩京的設定並不會造成朝政上的混亂。概括起來原因如下：

1、南京和北京的行政機構管轄範圍不同。北京的機構管轄全國範圍的事務，包括南京在內，而南京則只能管南京以及南直隸地區，二者類似於中央與地方的關係。

2、南京和北京的權力大小不同，是一種上下隸屬關係。南京的奏摺需要北京機構以及皇帝的批准方可執行，很大程度上相當於政策的執行者而非決策者。

3、南京的象徵性意義更大，但也承擔著一定的職責。相比於北京官員，南京官員更加清閒；北京作為主要的行政中心，而南京只是輔助作用，對北京的地位構不成威脅。

但兩京制卻也存在不少弊端，比如南京的建設和機構設定以及官員供養造成了財政負擔，留都官員違法亂紀、結黨營私也給明朝統治帶來隱患。這些都是當初明朝統治者建立兩京制度所未預料到的。