明熹宗朱由校，對於魏忠賢十分信任。就算在臨終之前，還不忘囑咐弟弟朱由檢，說魏忠賢是個值得信任的人，讓朱由檢要善待他和客氏。崇禎即位之後，的確聽從兄長的話，善待魏忠賢和客氏，可他內心痛恨宦官擅權，早已決定要除掉他。

兩人相互掣肘

崇禎雖然想除掉魏忠賢，但礙於魏忠賢勢力太大。朝中不少重臣，都是魏忠賢的親信，加上又有客氏撐腰，宮內宮外到處都是魏忠賢的人，所以崇禎只好慢慢部署，等待時機。

另一邊魏忠賢雖然勢力很大，但他也不敢輕易動崇禎，只好派一些心腹太監去監視崇禎，兩人形成一種表面和諧，實則針鋒相對，卻又幹不掉對方的局面。

先下手為強

兩人表面上不能直接開戰，只好在背後默默下功夫。魏忠賢本來為人就奸詐，他認為自己應該先下手為強，於是找了一批可靠的宮女，讓她們去侍候崇禎。

然而這一切早被崇禎識破，崇禎表面接受這些宮女，是為了讓魏忠賢放心。暗地裡讓人來搜身，結果發現宮女的身上都帶有一粒藥丸。經過檢查發現，這是一種帶有特殊香味的“迷魂香”。

魏忠賢一計不成，乾脆直接叫一名小太監，去崇禎的寢宮躲起來，打算將“迷魂香”點燃，讓崇禎不知不覺受害。沒想到再一次被崇禎識破，他抓住小太監，拿著“迷魂香”大喊一句：“皇考、皇兄皆為此誤矣！”

崇禎這才明白，原來父親光宗、兄長熹宗，在後期會沉迷聲色，導致身體每況愈下，一個在位一月就去世，一個23歲就英年早逝，全都是“迷魂香”作怪，而罪魁禍首就是魏忠賢。

隨著熹宗去世之謎解開，崇禎已經下定決心要除掉逆賊。

智除魏忠賢

崇禎知道魏忠賢有很多黨羽，因此一面在朝堂上誇讚魏忠賢，一面私下悄悄清除他的黨羽。魏忠賢以為崇禎忌憚他，就變本加厲，讓群臣都來頌揚他。

可是魏忠賢自己就假裝謙虛的樣子，請求崇禎下旨，停止為他建造祠堂。原以為崇禎會迫於群臣壓力，繼續為他建造祠堂，沒想到崇禎順水推舟，下令停止建造祠堂，還說今後民間如果想為魏忠賢建祠堂，一律按魏忠賢的意思不允許，這一舉動讓群臣有些驚訝。

其實崇禎的做法我認為有兩層意思：

第一、讓群臣知道皇帝並不是怕魏忠賢，讓那些只顧巴結的人有警惕，不敢再對魏忠賢盲目支援。

第二、是為了提醒魏忠賢，自己並不會被他控制。而且當著群臣的面，答應他的求情，這讓魏忠賢找不到理由發火。

經過這件事之後，很多人知道崇禎的意思，漸漸開始疏遠魏忠賢。有人甚至開始反戈相向，不斷向崇禎彈劾魏忠賢，崇禎趁機開始清除他的黨羽。

等到時機成熟的時候，崇禎開始清算魏忠賢。他先是將魏忠賢革職，將他打發去守陵。由此可見崇禎還是仁慈的，他沒有忘記兄長的囑託，最後時刻也沒打算殺了魏忠賢，還是留他一條命，奈何魏忠賢自己不珍惜。

魏忠賢出發的那天，隊伍浩浩蕩蕩，光是衛兵就有一千多人。崇禎知道這還得了，這人遲早會東山再起，於是命人將魏忠賢抓回來。最後實在沒辦法，崇禎只有賜他一死，魏忠賢最終自縊而亡。很快，他的餘黨也被崇禎清理乾淨。

（參考文獻《明季北略》《崇禎長編》）