小小和尚
玄慈出生在少室山下的一個小山村裡，三歲時父母雙亡，舉目無親，被一個好心的僧人帶到了少林寺，做了一個小沙彌。
玄慈天生聰穎，知恩圖報。他入寺後不久，便開始做一些掃地、擦桌之類的雜活兒，一干就是四年。玄慈平日最喜歡的，就是在方丈或某院的首座為眾弟子授課時，坐在窗外偷聽。由於他年紀尚小，又是在幹完了活兒之後去聽，因此倒也沒人因此責怪於他。
玄慈七歲時，一日上午，他又在大殿外聽靈門大師授課，雖然仍只能聽懂一二分，卻是聽得搖頭晃腦，如痴如醉。靈門大師內功精湛，自然知道一直有個小和尚在殿外偷聽，一直不以為意。這次出得大殿，卻聽得小和尚口中唸唸有詞，正是他剛才所講的《楞伽經》的片段。仔細一聽，竟對了八九分。
靈門大師心中一動，便問玄慈，是否明白經文含義。玄慈回答，只能聽懂其中一成，其餘便用心記住，等待日後領悟。靈門讚道，以你現在的年紀，已經相當難得。從明日開始，你便到大殿與眾弟子一起聽講吧。
就這樣，玄慈獲得了進殿聽講的資格。但他深知自己身份不夠，便主動承擔了服侍茶水之責，這又讓靈門大師高看了他一眼，也使他真正有機會拜入這位德高望重的高僧門下，從而從少林數百名弟子中，脫穎而出。
玄慈進入大殿聽講三個月後，一日早課完畢，眾弟子散去後，靈門大師留下達摩院、羅漢堂和戒律院等主事的高僧，商量要事，玄慈為眾高僧奉上茶水，正要離去，卻被靈門叫住，問了他一個問題。
原來，靈門和幾位高僧，商議的是少林入世和出世的問題。近百年前，後周世宗柴榮，曾因佛門佔據廣大土地，卻不繳納稅收，造成國家收入大減，於是發動了滅佛運動，令一縣之地，只能有一座寺廟儲存。所幸柴榮在位日短，才沒有對天下佛門造成太大的影響。
靈門認為，佛門雖稱方外，卻也在世內，因此應當為國為民承擔相應的責任。在座高僧有人稱是，但也有人認為，佛門精研佛法，渡化世人前往彼岸，便算盡到了責任。這位高僧說這番話時，玄慈恰好在給他倒茶，眉頭不禁一皺，略一出神，茶水就倒得太滿了些。
靈門大師見狀，心想這小和尚難道另有見解，如今贊同出世和反對出世之人各佔一半，還不如讓這小和尚參與進來，打破僵局。於是靈門大師微微一笑，一指玄慈，說童心即是佛心，我們不如讓他來說說吧。說完不等眾僧答應，便提出讓玄慈對少林是否出世，說說自己的見解。
玄慈心中非常緊張，但靈門大師向他微微點了點頭，心中頓覺有了勇氣。他向在座的各位高僧一一施禮，藉機整理了一下思路，然後說道，弟子入寺四年有餘，常聽各位師父提起，當年達摩祖師在少室山面壁九年，坐化之前，將衣缽傳予二祖慧可大師，其中便有一本奇書，叫作《易筋經》。
慧可大師經過數十年功夫，才將《易筋經》的要義闡述完畢。原來，這本《易筋經》中，不僅有高深的佛法，亦有精妙的武理。後來，慧可大師將自己註解過的《易筋經》贈與少林。三百年來，雖然練成《易筋經》之人屈指可數，但少林數代高僧，從中受到啟發，創出奇功絕技之人，也不在少數，這才逐漸形成了以“七十二絕技”為核心的少林絕技。
弟子聽說這些故事之後，心中常常在想，達摩祖師留下這本武學禪理並重的《易筋經》，有何深意，卻百思而不得其解。今日聽眾位高僧商議，方如醍醐灌頂，豁然開朗。因此，弟子認為，我佛門本就有除魔衛道之責，這一點，就決定了我少林不能獨善其身。
靈門及在座的高僧，都沒想到玄慈小小年紀，竟能說出這樣一番道理，震驚不已，大殿一時竟陷入沉默。最後，還是靈門先口，問玄慈何為妖魔。玄慈從容大道，為一己之私殘害聖靈者，即為妖魔。靈門喊了一聲佛號，說你可願意拜入老衲門下，修習佛法武功。玄慈福至心靈，當下磕頭拜師。靈門道，你所謂除魔衛道，原本無錯，只是須長存慈悲寬恕之心，以免殺傷太多，累計無辜。日後，你就以“玄慈”為號吧。
帶頭大哥
此後，玄慈便成了靈門大師的親傳弟子。他武學天分很高，只用了十年功夫，便把七十二絕技之一的“袈裟伏魔功”，練到了八九成火候。又過三年，玄慈代表少林參加二十年一度的佛門比武大會，一路過關斬將，最後在決賽中與清涼寺神山和尚相遇。兩人打到千招以上，誰也奈何不了誰，被判為平手。後來，神山和玄慈分別被稱為“降龍羅漢”和“伏虎羅漢”。
當年大殿一番答對之後，少林形成了參與世事的決議，從此與丐幫一起，扶危濟困，懲惡揚善。玄慈成年之後，靈門大師也常常派他與丐幫等江湖門派接洽，因此玄慈才得以與“劍髯”汪劍通相識，成為至交。在兩人的帶領之下，眾豪傑四處清剿殘害百姓的大寇、巨盜，使整個大宋武林，可謂是一片清明。
玄慈年紀輕輕，在江湖中的威望卻非常之高，漸漸引起了慕容博的注意。慕容博作為燕國皇室後裔，一直以光復大燕為己任。奈何慕容氏勢單力薄，除非天下大亂，他才可能亂中取粟，否則便無半分機會。只是當今大宋和契丹，已因“澶淵之盟”維持了數十年的和平。宋夏之間雖然戰爭不斷，卻未能動搖大宋根本。
慕容博無奈之下，只好四處投機，企圖攪亂天下。近年來，少林玄慈突然崛起，給了慕容博一個機會。於是，他利用玄慈年輕氣盛的弱點，欺騙他將有一批契丹武士，要來少林搶奪武學秘笈，然後將其用到契丹軍中。待軍隊戰鬥力一升，便揮兵南下，吞併大宋。
由於慕容博偽裝得非常好，是以沒有人看出他的狼子野心。玄慈和汪劍通為了慕容博的訊息，親到姑蘇與慕容博商議。慕容博為了騙過二人，且置身事外，竟然裝作身染沉痾，然後透過一番大義凜然的表演，騙過了玄慈和汪劍通。這才有了玄慈帶頭，汪劍通、趙錢孫和智光大師等二十一位中原高手在雁門關亂石谷伏擊蕭遠山一行之事。
雁門關之事後，玄慈多次尋找慕容博，都被告知他去尋訪名醫治病，數年之後，慕容博甚至假死脫身，使玄慈不再懷疑他故意假傳訊息。玄慈雖然安置了尚在襁褓之中的蕭峰，但仍自責不已，深陷心魔之中，武功佛法不進反退。還有一次，他在練功時差點兒走火入魔，幾乎喪命。
靈門大師不忍玄慈頹廢下去，便讓他暫時離寺，到山下為一位姓葉的農戶看病。靈門的本意，是讓玄慈借外出開闊胸襟，並透過救人重拾自信，不曾想玄慈因禪心不穩，造成了一段孽緣。
一段孽緣
卻說玄慈到了葉家，發現葉老頭子是因為多年前淋了冷雨，沒有及時救治，落下了天氣一冷便長咳不止的病根兒。對於大夫來說，這種老毛病的確沒法根治，但對於內功深厚之人，只需用陽剛內力持續滋養肺經，便可妙手回春，而少林內功恰是陽剛一脈，用來治療葉老頭子最是合適不過。
一連二十餘日，玄慈每日為葉老頭子運功治療，終於大功告成。事成之日，風雨大作，葉老頭子的女兒，年方十八的葉二孃置辦了一桌精美的齋菜，感謝玄慈的大恩。當時，葉老頭子簡單用了兩口，便回房歇息，只剩下葉二孃和玄慈。玄慈藉著燭光看那葉二孃，只見她姿容美麗，不可方物，心中竟生出一種非常微妙的感覺。當夜，葉二孃堅持要為玄慈鋪床，此後又裝作滑倒，撲入了玄慈的懷中。玄慈心知此事萬萬不可，但身體卻不由自主……
此後，玄慈與葉二孃度過了一段快樂的日子，直到三個月後，少林傳信說靈門大師並重，玄慈才急急趕回了少林。臨行前，玄慈告訴葉二孃，自己的身份決定了兩人無法長相廝守，希望葉二孃能夠理解。葉二孃對玄慈說，你已經給了我最好的禮物，我會活得好好的。玄慈深深地看了一眼葉二孃的肚子，轉頭離去。
玄慈回寺之後不久，靈門大師將方丈之位授予了他，便含笑圓寂。玄慈接任方丈之後，種種心魔俱已不見，武功一日千里，更在四十歲上，練成了少林寺內百年來都無人練成的“大金剛掌”。這門剛猛的劈空掌法，令蕭峰都心驚不已。
玄慈一直對蕭峰心存愧疚，早早安排自己的師弟玄苦大師，親自傳授蕭峰正宗少林功法。蕭峰加入丐幫，學得“降龍十八掌”和“打狗棒法”，自然也是玄慈和汪劍通的刻意安排。只是他們兩個都沒有想到，蕭峰竟然能夠不屈不撓，先後為丐幫解決三大難題、七大功勞，使丐幫上下歸心，在二十四歲上，就當上了丐幫幫主。
玄慈也沒有想到，雁門關一戰，蕭遠山竟然死裡逃生，然後潛伏到少林寺，還搶走了他和葉二孃的孩子，然後靜等時機成熟，讓他身敗名裂……