楊嶽斌平復蘭州譁變之後，奏請朝廷將處置不當，引發譁變的責任人副將羅宏裕、城守營參將王金楷、前營遊擊李玉安、左營遊擊馮名彩，後營遊擊德恩，概行革職，留營效力；
中營都司呂松堯，前營守備常九升，請旨交部嚴加議處，留營差遣，以觀後效；
標兵譁變之案已結，而省城缺糧的緣由，則是由於狄道、河州叛軍騷擾劫掠，導致遠近糧路不通。
軍民深受其害，故而議定先行圍剿狄道，河州之匪幫，以顧根本。
寧、靈一帶由穆圖善監管（此時教主已經投誠），雷正綰部十七營專門負責平涼、慶陽等處，而張在山一軍助力狄道，河州剿匪。
劉蓉在五月初四回到西安，叛軍頭領馬生彥、孫義章糾結靜寧、隆德各處叛軍，攜家帶口準備再次竄擾隴州。
而前次被打敗的崔三、穆三、馬萬祥等拒守固關、咸宜關、神林鋪、曹家灣、太沖峪、玉馬嘴、高嶺子、蒲峪川等處，蔓延數十里，到處劫掠，當地民眾不堪其擾，紛紛外逃。
劉蓉令邱時成、黃鼎等星夜兼程。
湯敏在城中盤查，逮捕奸細張思永等人，據其供稱：“該逆約於是夜三更攻城，伊即於城內舉火內應”。
當即，各營提高警備等級，各段城牆均加強防守，輪流替換歇崗，城內各里聯保，加強搜檢奸細，排查隱患的力度，又查出奸細數十名，均被就地正法。
三更，叛軍果然如約前來，在城外等待城內舉火，然至天明，也未見到城內同夥舉火的訊號，情知有變，又看到城頭團勇，官軍森嚴排列，刀矛閃光，槍炮如林，滾木礌石，火彈沸油準備充分，就等著叛軍攻城。
見到如此情狀，叛軍始生懼意，各隊陸續回撤。
有驚無險，隴州逃過一劫。
在杜陽河，蕭德楊正好遇到撤退的叛軍，雙方鏖戰，五名叛軍首領率八百騎兵從中軍衝出，一路衝殺直指蕭德楊親兵營，欲實施“斬首戰術”，這股叛軍騎兵速度極快，遠遠脫離了叛軍主力，形成一支孤軍，洪殿元敏銳地抓住這個機會，立即率本部在叛軍騎兵前方及側翼形成一個密集的火力網，前方三排官軍採取三段式射擊戰術，洋槍不停歇的向這股騎兵發射，側翼負責截擊妄圖躲避槍火側翼迂迴之敵，如此一來，叛軍騎兵多次妄圖衝擊過去擺脫官軍密集的火力屠殺，但是前方給他們編織的是一張牢不可破的銅牆壁壘，半個時辰之後，這股八百人的精銳捍卒全部死於官軍槍下。
戰敗的叛軍絕望地向隴州撤退，不料又遇到劉玉興出城截擊，後有追兵，前方無路，叛軍無奈之下化整為零，全部散去。
初八日，再次糾集在一起的叛軍二度來攻，蕭德楊率軍迎敵，這次叛軍開始變得有智慧了，他們先是派出小股部隊佯裝戰敗撤退，引誘官軍來追，蕭德楊果然中計前來追擊。
追至半途，前方出現茂密的樹林，蕭德楊畢竟久經戰陣，熟稔叛軍戰術，於是派騎兵前去偵查，偵查兵見樹林中隱隱有旗幟展露，而且有大群驚鳥衝出，知道叛軍有埋伏。
蕭德楊當即命令蕭玉田列隊北路，張映衡在中路誘敵，劉玉興、毛福益、蕭德見、王九齡等列隊河干，蕭德楊、洪殿元、邱時成等往來策應，團勇在後助威為後援。
叛軍見官軍中計，先以林中伏兵從左右衝擊，官軍屹立不動，只以洋槍迎敵，相持數時，叛軍尋找不到戰機，又被官軍射殺百餘人，於是退卻。
叛軍撤退，官軍隨後追擊，斬殺五百餘人，生擒八十人，天色已晚，官軍收隊。
初九日，此股叛軍再度出擊，以騎兵為先鋒，步隊居後，由小河東抄官軍後路，諸將見叛軍勢大，決議各自為戰，以堅守營壘不主動出擊。
叛軍大股猛力衝擊蕭玉田大營，蕭玉田部奮勇抵抗，叛軍主力皆在蕭玉田軍前，蕭軍鏖戰多時，槍彈火藥用盡，蕭玉田率軍殺出營壘，與叛軍混戰，叛軍以眾敵寡，蕭玉田及親兵被叛軍火槍手團團包圍，蕭玉田陣亡。
蕭德楊及黃鼎急忙前來救援，叛軍抵擋不住黃鼎部彝軍的猛烈攻擊，開始敗退，是役官軍傷亡慘重，蕭玉田部幾近全滅，而叛軍方面只是負傷者頗多，戰死者不足三百。
初十，挾戰勝之威的叛軍開始分股向東竄逃，一股由白牛峪意圖竄逃寶雞，一股由溫水溝意圖再犯千陽。
蕭德楊、黃鼎、劉玉興等率軍緊跟不捨。
當夜，竄擾千陽之叛軍趁官軍營壘未成之際，前來攻擊，三人與之相持之天明，叛軍撤退。
十一日，官軍與叛軍戰於晁家原，激戰中，射中叛軍兩名首領，而洪殿元手腕亦中槍傷，雙方戰平。
次日，未待官軍出擊，叛軍以全體逃竄前往千陽，鳳翔以東而去。
由於陝西兵力不足，而安化棗子扁、王家坳、范家坳、黑虎山一帶由甘肅董福祥、高萬鎰盤踞，其地盤與鄜州、保安毗鄰。時常騷擾陝西，幸虧鄢太愚、段登雲、楊德勝等負責剿辦，連獲大捷，形勢稍微緩解。
劉蓉因此奏請朝廷，敕下寧夏將軍穆圖善、陝甘督臣楊嶽斌分撥馬步軍馳援鳳翔。隴州。
而這邊隴州，大股叛軍拒守，欲圖東竄。
劉玉興等人約定五月十四日分路進攻，令毛福益先夜間在叛軍大營附近紮下營壘。
營壘尚未完成，叛軍來攻，蕭德見。王九齡出兵抵禦，張應衡攻擊太陽溝，蕭德楊攻擊高嶺子，邱時成，洪殿元率馬隊左右包抄。
叛軍以騎兵為先鋒向官軍攻擊，旋被擊敗，隨後步隊從林中衝出。
張映衡繞過山腰，從上壓向叛軍，猛烈投擲火彈，噴射火筒，叛軍被壓制，無法上山。
山下，劉玉興、黃鼎仍和叛軍相持，張玉文率藤牌兵及彝兵趕到戰場，衝向叛軍，兩軍相持比拼的是耐力，如果此時外力介入，必定一方會潰敗。
張玉文就是這樣一根稻草，叛軍大敗，丟下千餘屍體及傷兵潰逃。
十五日，黃鼎部紮營於太沖峪，當夜派都司徐佔彪帶領敢死衝擊叛軍大營，大隊隨後跟進。
徐佔彪率敢死之士，銳不可當，連破數處叛軍營壘，太沖峪及各村叛軍同時逃逸。
官軍偵知，叛軍已至逯玉村，杜陽鎮及千陽之草碧鎮等處。
而被劉厚基在鳳翔擊潰的叛軍也聚集在此處。
劉效忠、蕭慶高等軍也追擊而至，雙方約定二十日會剿逯玉村之敵。
黃鼎先派徐佔彪，陳金彪夜襲白牛峪，二人率軍潛心夜伏接近敵軍，叛軍竟然在此關頭毫無戒備，官軍抓住良機以洋槍齊射，揮刀衝入敵營，叛軍夢中驚起自相踐踏，死傷無數，官軍連毀叛軍營壘七處，斃敵數百名。
蕭德楊窮追不捨，搜捕漏網殘匪，再破營壘十處。
官軍回營途中遇神泉堡、蒲峪川等處叛軍數千人前來攔截官軍，蕭德楊揮兵禦敵，各營出兵相助，叛軍大敗而去。
蕭慶高，劉厚基同駐隴州。
二十七日，蕭德楊率軍前行。分路掃蕩逯玉村回竄之叛軍，追至寬灘河，此處穆家莊乃是叛軍老巢。
蕭德楊與各營分隊合作，將穆家莊攻克，斃敵千人。
二十八日，官軍攻克曹家灣叛軍巢穴，斃敵三百名，該處叛軍退守固關。
黃鼎及劉厚基破蒲峪川回竄之敵，該處叛軍竄至咸宜關，當日斃敵兩千餘人，救出難民百人，附近村莊數十處之圍得解。
此股叛軍剛至隴州時，擁眾五萬，能戰者至少三萬，而且叛軍首領馬生彥、任老五、孫義章、李大帥、馬星福、蘇蛤兒、崔三、穆三、鄒保和、海子馬等群匪聚集。連續多日的激戰，經過官軍痛剿，能戰之兵已經摺損過半。
如果此時官軍能宜將勝勇追窮寇，那麼此股叛軍會被全殲。
可惜的是，甘肅糧食通道不暢，官軍軍糧難以籌集，就糧當地亦窮蹙枯竭，致使功虧一簣，難以斬草除根。