1926年12月5日，一艘名為“良榮丸”的日本漁船從神奈川出發，他們前往深海區捕魚，對於一個四面環海的島國來說，打魚是傳統，是賺錢的生意，是在平常不過的事。但是，船上的人不知道，這趟航行將變得不平常！
良榮丸出發後，就再也沒有了音信，船員們是死是活，更沒人知道。他們的家人每天到海邊祈禱，當地也派出過搜救船，但這艘船就像沉沒大海一般，絲毫蹤跡也找尋不到。
轉年的10月31日，這艘失蹤了將近一年的漁船卻突然出現了，只不過人們登上這艘船時，發現了令人不寒而慄的一幕。
發現良榮丸號的是一艘美國貨輪，途徑加拿大西海岸溫哥華島時，船員隱約看到海水中好像漂浮著一艘破船，很像遭遇海難的的船隻，船長名幾個船員乘小艇去破船上看看，說不定有人在上面。
幾個船員接近破船後，感覺到一種不祥預感，這艘船太安靜了，死氣沉沉，鏽跡斑斑，毫無生機。三名船員爬上去，緊接著，他們驚叫起來，船上根本沒有人，只有令人恐懼的屍體。在甲板上，赫然趴著兩具屍體，一具已經風化成乾屍，一具則沒快要變為白骨，並且沒有雙腳。
船員大著膽子走進船艙，卻驚現地獄般的一幕，艙內四處皆是被打碎的頭骨、已化成白骨的屍體和風化的屍體，早已風乾的血跡黑糊糊的沾滿船艙。船尾的廚房內，散落海鳥的白色羽毛。爐上的鍋子中，赫然有條手臂在裡面，一個開啟的木箱內，一個頭骨丟在裡面，還有一隻白骨化的腳在角落的銅盆中。天呢，這條船上到底發生了什麼？難道他們吃了……
很快，當地海警來到，他們將船拖到岸上，然後進行了調查，日本駐溫哥華大使館，也派專人前往協助調查。
根據記錄顯示，這艘船上共計12人，船長是三鬼登喜蔵，機關長是細井伝次郎，其餘十人為船員。但船上只有九具屍體，也就說有三人消失了。
這條船到底經歷了什麼可怕的事？調查人員在船長室找到一個密封的鐵皮盒，在裡面擺放的三本記事本中，人們看上了當時難以置信的慘狀。
上面記述到大正15年12月5日（1926年12月5日），船隻從神奈川出發後一切正常，未到達目標海域，船隻曲柄部位出現問題，船隻無法工作，當時船上只有一石六鬥白米，淡水也有限，船員詳盡法子，卻始終無法讓船動起來，只能任其漂流。（注：以下為日誌節選，非完整日誌。）
12月15日，船上早已沒了食物和淡水，能吃的東西已經全部吃掉，有船員出現脫水跡象，身體極度虛弱。健康的船員只能靠誘捕海鳥和捕捉魚類生存。當日有日本船隻經過，船員對其呼救，但對方不予理會，致使船員失去希望。
1月27日，船員發現外國火輪，對其呼救，對方沒有應答。當天下起大雨，船員積蓄雨水作為飲用水。至3月6日，淡水和食物再次見底，船員試圖捕魚，但一無所獲。3月7日，機關長細井伝次郎出現身體衰竭現象，他在彌留之際哀求將其丟入大海，船員遵從其要求，將其水葬。3月9日，船員直江常次身體出現惡化，儘管當日捕到一條鯊魚，但直江常次仍沒有吃到，他同樣被水葬。
3月15日，負責紀錄航海日誌的船員井沢舍次病死，船員松元源之助代替執筆。井澤的遺體同樣以水葬處理。但此時有人已經不願意將其丟入水中，從他們的眼神中看得出，他們想幹什麼。此後的幾日，有人開始神志出現問題。
3月27日，船員寺田初造和橫田良之助突然爭執起來，他們胡言亂語，一個說看到了富士山，一個說看到了蘿蔔，本來虛弱不堪的兩人在甲板上扭打在一起，然後倒在甲板上等死。沒人去勸解，因為大家都沒了力氣。
3月29日，船員三谷寅吉突然發狂，他拿起一柄斧頭朝著正在計劃捕魚的船員吉田藤吉亂砍，並且口中大叫“好大的魚啊，好大的魚啊。”可憐的吉田倒在血泊中，發狂的三谷趴在吉田身上亂咬，嘴中仍舊說著“好大的魚啊”這樣的話。由於大家都沒了力氣，因此沒人去阻攔。殘存下的人，因為蔬菜攝取不足，得了壞血病，口中不斷滴下由牙齒流出的血，全部變成看起來像妖怪的樣子。阿阿，佛祖喔，拯救我們吧……
4月6日，船員辻門良治，吐血不止而死。4月14日，船員沢山勘十郎發瘋，他衝到甲板咬食已經死去多日的吉田屍體。4月19日，船員富山和男，澤村勘十郎兩人在廚房為爭人肉而相互毆鬥，同夜，二人渾身是血，倒地死亡。
5月6日，三鬼船長，已經快要走到了人生盡頭。此時船上還有氣的只剩下三鬼船長和記錄日記的我（松元源之助）。三鬼船長對我說他想回日本，我安慰他說，我們會回去的。同夜，三鬼船長永遠地閉上了眼睛。
5月11日，陰天，颳起很大的西北風。不管西或南，船隻能隨風漂流。沒有看到山的影子，也沒有陸地的影子，什麼都沒有，好想吃一個甜甜的砂糖。同伴們早已腐爛，已經融化的血肉散發濃濃的屍臭。終於要告別這個世界了……
至此，最後一個船員松元源之助將日誌寫道這裡後，就再也沒有寫下去。很顯然，這是他的絕筆。人們在船長室的一塊木板上還找到他用鉛筆寫給家人的遺書。在結尾處，他對兩個孩子做出了最後的要求，就是“不要當漁夫”。
此事發生後，一位名叫理查德的美籍船長聲稱在1926年12月23日，他們曾發現這艘船，隨即對其發出是否需要幫助的訊號，並試圖靠近。可是，在良榮丸的船窗和甲板上約有十個船員只是往這邊呆呆的看，卻沒有一個人有反應。理查德船長感覺自己有種被耍的感覺，於是調頭離開。這件事情，並沒有在良榮丸號的日誌中提到，實在太奇怪了。
最終，在日本大使館的協調之下，良榮丸上的九具遺骸被集體火化，而後送到日本。儘管只有骨灰，但能迴歸故土，對於逝者來說，也算是一種安慰吧。