雖然劉駿在服喪期過後開始追求享受，但他所要面對的事情並沒有因此減少。

大明元年（公元457年，北魏太安三年）二月，之前一直相對平靜的宋魏邊境開始出現狀況。北魏進攻兗州，目標直指無鹽，並擊敗了東平太守劉胡。劉駿得知情況後立刻下詔，派薛安都率領騎兵，東陽太守沈法系率領水軍，一同向彭城挺進，以防禦北魏進一步的入侵，這兩支大軍同受徐州刺史申坦的指揮調遣。

結果戰事並沒有進一步擴大，劉宋兩路大軍趕到彭城時，北魏的軍隊已經離開。大軍既然來了，也不能白走一次，那麼目標是誰呢？是一群強盜，原來在此之前，成群的盜寇聚集在任城叢林裡，幾代以來一直成為當地的禍患，當地人稱他們為任榛。申坦於是請求趁大軍班師回朝的機會，前去討伐。對付幾個毛賊還不容易，劉駿同意了他的請求。

結果任榛聽到這一訊息後，全都四下逃散。這種情況該怎麼辦呢？當然是追擊咯，但此時正趕上大旱季節，申坦的軍隊人馬乾渴睏乏，自然不可能有所斬獲咯。劉駿對此自然是怒不可遏，薛安都和沈法系免去官銜，只以平民的身份擔任現職。提議剿匪的申坦則是直接被判死刑，文武官員替申坦求情，劉駿都沒答應。

關鍵時刻，還是沈慶之挺身而出，他在刑場上抱住申坦，失聲痛哭，說：“你沒有罪卻被判死刑。我在這裡哭你，等你走了，我也就跟著你到地下去了。”沈慶之何等地位，他這樣一弄別人不敢處理了，就把這些話報給了劉駿，看在沈慶之的面子上，劉駿才赦免了申坦。

剛處理完申坦的事，劉駿就又收到了王玄謨造反的訊息，但沒過多久，王玄謨就派人騎馬奔回建康，向劉駿詳細陳述了事情的始末。原來這事和僑郡縣有關，在劉宋雍州境內，設有很多僑郡縣，十分混亂，田賦捐稅無法按時徵收。為了改變這一局面，王玄謨就向劉駿提議在這些新僑郡縣中整頓戶籍，讓百姓納稅服役。劉駿採納了他的意見，下詔將雍州的三個郡十六個縣合併成一個郡。

這樣做對劉宋朝廷來說是好處多多，但那些僑郡縣流亡的百姓們不答應了，他們不願意歸屬於當地的戶籍，就製造謠言，謊稱王玄謨打算起來反叛朝廷。一些王玄謨的政敵也想利用這些謠言聲討王玄謨。別看王玄謨打仗不行，處理這些事還算給力，他一邊向劉駿報告事情原由，一邊安撫人心。劉駿在知道所謂王玄謨圖謀反叛的訊息是假的後，就派主書吳喜專程前去安慰王玄謨，告訴王玄謨說：“你已經是七十歲的老翁了，謀反想要得到什麼呢？君臣之間，足可以相互作保。姑且跟你開個玩笑，把你緊鎖的眉頭伸展開吧。”王玄謨生性嚴肅，從沒有隨隨便便開過玩笑，所以，劉駿就藉此事跟他開玩笑。

雖然不擔心王玄謨會造反，但劉駿對宗室還是十分提防，尤其是劉誕。這年八月甲辰日（二十七日），劉宋朝廷任命劉誕為南兗州刺史，太子詹事劉延孫為南徐州刺史。這個任命表面上看毫無問題，但實際卻不簡單。原來當初劉裕曾留下遺言，認為南徐州治所京口距離建康十分近，是戰略要地，所以他規定除非皇室近親，其他人不能駐守。這劉延孫的祖上雖然和劉宋皇族是同一宗族，但是劉裕是彭城支系，劉延孫的祖先屬於莒縣支系，所以雖然都姓劉，但劉誕孫並不是皇族。為了不破壞祖制，劉駿命令劉延孫去鎮守京口後，又頒下詔書，跟劉延孫家合為一族，並讓各個王和劉延孫之間排列輩分和長幼。

那麼劉駿為什麼要煞費苦心這麼安排呢？原來問題還是出在劉誕身上，劉駿是個醜聞纏身的皇帝，他的桃色新聞無論真假，都在民間流傳，沒有不知道的。與之相反劉誕卻是生性厚道，待人溫文有禮，而且，又在誅殺劉劭和討伐劉義宣的戰事中立下了大功，因此，大家在心裡都暗暗向著他，加之劉誕手下又有不少有才能的人。這就讓劉駿對劉誕又是害怕又是猜忌，所以，他不希望劉誕還留在朝廷，便下令他鎮守京口。在這之後又嫌他在京口離建康太近，於是又把他調到了廣陵。至於這劉延孫是劉駿的心腹大臣，所以派他鎮守京口，目標很簡單防備劉誕。

事實上不僅是劉誕，劉駿對其他下屬也並不怎麼放心，為了不把大權交給自己的大臣們。劉駿在大明二年（公元458年，太安四年）對劉宋的官制進行了改革，尤其是吏部。他先是將吏部尚書分設兩名，又撤銷了五兵尚書這一官位。接著又把閒職散騎常侍的地位提高，方法也很簡單，利用高聲望的臨海太守孔覬、司徒長史王彧擔當這一職務。

但劉駿這麼做的效果並不大，正如侍中蔡興宗對人私下所說的：“吏部地位重要，而常侍工作清閒、無關緊要，如果僅僅是在名稱上更改一下，而不是加強實際權力，儘管是皇上想要提高它的地位，人心又怎麼能夠改變過來呢？”果不其然，沒過多久散騎常侍的地位再度降低，而吏部的地位卻與從前沒什麼兩樣。

儘管劉駿煩心事挫折不斷，但劉宋的政局也還算穩定，但這份安定能維持多久呢？