1645年大西政權建立後，面臨的情況是複雜的。且不說大清與大順正在進行你死我活的緊張搏鬥，大順與大西之間的矛盾與鬥爭在升級，就其轄區而言，一方面是明朝殘餘勢力的存在，由於失敗，便以百倍增長的仇恨繼續同義軍進行較量；另一方面是受到打擊的官紳懷著深仇大恨進行報復與顛覆活動。在這兩種勢力的背後，是南明政府的挑唆與支援。
弘光政府是崇禎十七年（1644年）五月在南京建立的。這個政府視大西政府與李自成的大順政府一樣為不共戴天之敵。七月，弘光帝任命米壽圖為四川巡按御史，接著又任命王應熊為兵部尚書兼文淵閣大學士，總督四川廣東雲南貴州軍務，專辦蜀寇，對付張獻忠。這二人，當時都是光桿兒司令，既沒有自己的軍隊，也沒有一定的財力，他們到遵義設幕府，發檄文，舉行誓師，力圖透過利用各種舊關係策動四川各地的明軍餘部和地方武裝起來發難，製造事端，以破壞大西政府轄區的社會穩定。九月，弘光帝又下達敕令任命馬乾為四川巡撫。十二月，又任命樊一蘅為督師專辦蜀寇。南京弘光政府的號召和策動，為四川的官紳與明軍餘部增添了信心和力量。他們以為中興有望，踴躍歡呼，在家中供起大明中興弘光萬歲的牌位，為了掩人耳目，將它與張獻忠的牌位一木相連，一反一正。明裡供奉的是張獻忠，暗裡是弘光帝。有的地方，還將建築物上大順年號塗抹，改用弘光年號。
為了鞏固新生的大西政府已經取得的勝利，張獻忠從建立大西政府那一天起，就將清除境內殘餘勢力，削平各種叛亂作為當務之急，並且作了相應的部署，將設防的重點放在成都。一方面命平南先鋒張文秀統領總兵10員，馬步兵10萬出鎮廣元，以攔截來自三秦之敵；讓平南將軍張能奇率領總兵5員，馬步兵5000，出鎮保寧。大西軍兵力分散，顧此失彼，得地不守的弱點明顯暴露出來。重慶附近的明朝殘餘勢力頓時活躍起來。兵備道馬乾乘機襲擊重慶，大西政府委派的守將劉廷舉兵力不足，見勢不妙，棄城而去，重慶得而復失。
張獻忠認識到重慶地位的重要性，命令張文秀率軍3萬奪取重慶。由於曾英和其部將李佔春、於大海等早有準備，佔據了有利地形，又調集了較為優勢的兵力，張文秀奪取重慶的計劃未能如願，又在亭溪戰敗，無力解除川東方面明軍的威脅，大西軍被迫退守廣元。曾英得到王應熊的支援，提升為副總兵，封為平寇伯，隊伍擴充到10萬人，戰船千艘，成為威脅大西政府的主力。
明參將楊展是四川嘉定州（今四川樂山）人。崇禎十二年（1647年）武魁天下。初任遊擊，後在居庸關任參將，因領兵援蜀回到四川。九月六日，他在成都被俘，被兩士兵押送出城斬首。這兩位士兵喜愛他身上的五彩綿甲，對展說：漢子你將這件綿甲送給我吧！回答說：我命都不要了，還要這綿甲幹什麼？這衣甲自然是你的。我只希望你給我個全屍於河中，不要狼藉地上，這就全靠你的恩賜。臨行刑前，將他鬆綁，脫下身上衣甲，剛剛舉起大刀，楊展奮起奪刀，砍死兩士兵，跳入水中，他水性好，順流東下百餘里，在沒有農民軍的地方上岸，乘夜回到家鄉嘉定州，建立義旗，招兵買馬，傾盡家產，守護城池。弘光帝聞悉後，遣官帶著蠟丸詔書封他為錦江伯，掛蕩寇將軍印。他聚集殘兵於嘉定、敘府（今四川宜賓）一帶，以永寧衛（今四川敘永）為基地，成為四川頗有影響的武裝力量。在敘府與大西軍馮雙禮、孫可望激戰數次，為孫可望所敗，他逃至遵義，但不久又回到川南，活動在川南的長江沿岸地區，對大西地方政府進行殘酷報復，相繼佔有了川南大部分州縣。
在川北，廣元吳宇英是熹宗朝進士。張獻忠請他出來做官，遭到拒絕；繼之發敕令，遣行人前往宣諭，授他川北巡撫要職，他當面焚燬敕書，殺掉使者，傾家資召集鄉勇，扼險固守，被眾人推為盟主，聚眾5000人，據守神仙峒與張獻忠對抗。
在川西，黎州參將曹勳聯合戶部主事範文光、邛州舉人劉道貞等人在雅州（今四川雅安）集聚力量，奉明宗室鎮國將軍朱平榆為蜀主，盤踞洪雅、榮經等地，同大西軍抗衡。潛入大西政權內部官居監軍的茂州舉人郝孟旋在雅州舉兵反正，並利用職務之便，矯詔阻止生員赴省參加科舉考試，使其各回原籍，進而組建“匡正營”，襲擊邛州。在川東，原禮部儀制司員外郎渠縣李含乙、李儲乙兄弟傾盡家產招募士卒數千人，攻陷廣安州。通江向衷亮、向質、向謙共同舉事，擒殺大西縣令陳三捷等引入，以林春茂為通江令，豎旗招兵，“數日之間，合眾萬人，攻巴州”。
此外，尚有詹天顏、朱化龍、趙雲貴等佔據松潘、茂州（今四川茂汶）、龍安（今四川平武）一帶，楊世泰、廖佐等響應楊展而聚兵峨眉，屠隆聚兵納溪。各地據城邑，守村落，駐山谷，拒險寨的武裝集團，不可列舉。
由於有南明小朝廷的支援，這些明軍殘部與叛亂分子將仇恨集中在大西地方軍政官員身上。為大西政府任命的府州縣地方官，到任後兩三天，就有被暗殺的，甚至一縣之內，三四個月時間裡，有十幾個縣官員連續遭到殺害。而且手段極其殘忍，有的將人投於烈火之中，有的將人沉於江中，還有被活剝去人皮的。而且在所到之地，無不縱兵大掠，見牛牽牛，見人掠人，見糧搶糧，甚至放火將村民房舍燒成灰燼。
遍及各地的叛亂與暴動使張獻忠非常煩惱。為此，他在成都召開軍事會議，專門研究平叛問題。大西軍的主要將領都參加了這次會議。會議分析了各地的形勢，作出加強軍事鎮壓的決定，制訂了作戰計劃與部署：讓張文秀進駐重慶，馮雙禮進駐瀘州，孫可望、馬元利進駐川北，艾能奇進駐雅州。同時提出注意政策，保護老百姓的人身安全，大西軍在雅州張貼告示：“凡爾處市鎮順民毋恐，家給大順錢綴於首，可不死；而山中作逆者，當剿除之。”然而，這次會議決定中，沒有對殘餘明朝勢力作出具體分析，更沒有提出如何在抗清大目標的前提下同力合作共抗清兵的問題。
進入大順三年（1646年），四川政局依然異常混亂。新繁諸生費密勾結松潘鎮朱化龍，在什邡縣高定關組織飛來營，舉行暴亂，對大西政府發起攻擊。總兵賈聯登及中軍楊維棟從大西軍手中奪回資陽、簡州，侯天錫、高明佐攻佔瀘州，李佔春、於大海據有涪州。曹勳及監軍範文光據有雅州，監軍僉事詹天顏據有松茂，譚洪、譚誼據有夔州、萬縣。樊一蘅移駐納溪指揮調動，與閣部王應熊會合於瀘州，諸路兵馬齊向成都逼進。
對於反叛，張獻忠採取嚴厲的打擊政策，首先是在成都城內實行嚴密的軍事管制。居民十傢俱結，一家有犯則同結十家連坐。出入城門，必須經過兵馬司嚴格的證件査驗無誤方可放行。出城之人，先到兵馬司進行登記，填報某街第幾鋪，或某坊民某人出城到某處，左右鄰居某人，戶主某人，保結某人，有無家口等，並要說明回城日期。如果不能如期回城，先將左右鄰居與戶主逮捕斬首，後將出城不回之人的家口，不拘老小，全部斬首。城外入城之人，也要經兵馬司盤問明白，填給入門票，事畢出城，驗交原票無誤，方許放出。同時全面推行伺探、告密之法，每天派出兵丁千餘人，或扮作乞丐、醫卜，或化裝成商販，佈滿城內大街小巷，往來巡查，探查民間言論，發現兩三人在一起談話，或夫妻子女言談話語之間，無論嬉笑怒罵，親談嘲謔，有涉及不吉利之言語，如未平、不穩、斷絕、死敗之類的言論，必須及時上報，並將門前用白灰做出標記。次日，一併將左右鄰里十家全都處斬。若有不及時報告而為他處發覺舉報，不僅要處理談話者本人，還要追究探查人的責任，一併給予誅殺的處罰。為了製造恐怖氣氛，張獻忠設立剝皮、連坐之類的酷刑，其刑法之殘暴，也為罕見。對行刑者，如果剝皮未畢而死，就連行刑者也一起殺死。凡有觸犯之人，先杖百笞千，次割耳鼻，次斷手足，次斬首，次凌遲，次割如鵝眼大，以五百刀為限，數滿釋之，極重之人犯則剝皮，刑法如此苛嚴，豈能令人對這個政府心悅而誠服，又豈能不令人對這個政府望而生畏！
其次是實行屠殺的政策。面對四川各地不斷出現的暴亂，張獻忠將這個問題交大臣們討論。他說：“朕得蜀二年，蜀民恩之不附，威之不畏，屢撫屢叛，將若之何？”孫可望說：“臣願皇上正位四川，輕徭薄賦，以恩止殺，令頒新政，與民更始，如父母之於赤子焉。”這一意見的核心是從調整政策入手，改善與民眾關係，要像父母對子女那樣，使民眾得到真正的好處。而汪兆齡則提出：以愚臣之見，莫若先將在城人民盡行屠，其四道、府、州、縣之民，另外分別等次，宮殿房屋，要付之一炬，使之千里赤地，萬井無煙，然後棄之而他往。這一主張的核心是採取極端的屠殺政策，消除各種反抗。這是兩種不同的態度。作為領袖的張獻忠，連聲稱讚汪的主張：“卿言是，卿言是。”在大西政府領導集團內部也有不贊成這一做法的。如張定國就極力勸阻，痛哭流涕，希望張獻忠有所收斂，孫可望聞知成都市民遭到濫殺的訊息，十分痛心，併為大西政府的前途命運而憂慮，說：“有王無民，何以為國！”另有一位跟隨獻忠多年不願直書姓名的人，上書規勸道：本人隨王多年，身經數百戰，所得之地即行殺戮，不留尺寸作為根本，士民既殺，地方取之何用？可謂語重心長，可惜張獻忠聽不進逆耳之言。
作為一個政府，對於堅持為敵、拼死反抗的官吏鄉紳毫不留情地給予鎮壓，這是必要的。非如此，就不能鞏固已經取得的勝利，建立自己的秩序。可也必須明白，鎮壓是手段而不是目的。鎮壓極少數人的反抗，目的是為了建立合理的、穩定的社會秩序。也就是說，新政府必須比舊政府具有優越性，能為更多的人帶來實惠。然而，在四川為張獻忠所殺的人中，有不少並不是大西的反對派，而是因同類人中有個別人有反政府行為而遭株連。最為明顯的便是在成都發現諸生顏天漢與李自成有聯絡，就以錄用文武全才為名，調集全川進士、舉人、秀才到京參加面試，結果將5000餘名士子殺於青羊宮。這就是人們所說的特科事件。
還有不少是已經歸順並在大西政權裡擔任職務的人，有的是有某些小過，有的只是懷疑而被殺掉，有記載說“凡內外各偽文武官，偶有小過輒斬之，重則剝皮”，這大概不是危言聳聽。
大西政府禮部尚書江鼎鎮，是在冬至節舉行祀天時，未能遵照規定去讀條文，被杖責百下致死。大西政府兵部尚書龔完敬“以道不治，剝皮而死”。高官尚且如此，中下級官吏就更不用說了。
孫可望率兵從漢中回到成都，部分官員到郊外迎接，獻忠以為這是沿用前朝陋習，大開殺戒，一日便處死從官300人，有人勸他不要殺得太多，張獻忠不以為然地說：“文官怕沒人做啊！”
太學祭酒某生日這天，接受諸生們價值100錢的賀禮，結果被處死。夾江生員王志道能一筆寫出一個斗大的“帥”字，張獻忠即說：“爾有才如此，他日圖我者必爾也！”便將他殺死。
還有對醫生進行統一考試，讓他們在太醫院舊有銅人像一穴位上扎針，錯扎者立即推出斬首。
在他公佈官吏被殺的理由中，有的是伊等在席間高聲談話無所顧及，有的是由於吸菸太多，精神疲憊。
還有因為愛之心切而被殺的。張大受是他考試選拔出來的武狀元。當初在錄取張大受為狀元時，他是那樣的高興，賞賜金幣弓馬，又召入營賜宴，美女10人，田宅1區，家僕20人，還召畫工為他畫像，打算廣泛散發，擴大宣傳。次日，張大受前來謝恩。他一反常態對臣下說老子太喜歡這個狀元了，喜歡得一刻也離不了，害怕再見到他，你們快去把他殺掉，不可叫他再來見老子。這一諭旨宣下，新科狀元本人連同家人並賞賜美女、家僕一併慘遭殺戮。一個新科狀元就這樣消失了。
如此隨意殺人，還表現在他對自己的妻子上。按照常規夫妻關係是最為親密的。丈夫有保護妻子的責任與義務，這也是人間的倫理道德。張獻忠有多少個妻子，已很難弄清。他的妻子時間都很短暫，都是以種種藉口和理由處死了。他在成都建國時立井研陳氏為皇后，可以說是恩寵有加，又封其弟為國戚。不十日，陳氏姐弟俱遭極刑。一個連自己的妻子也信不過幾天就要殺掉的人，還會有什麼人不敢殺呢？如此等等，實在是無端濫殺，沒有止境，慘不忍睹！
連續不斷的暴亂、顛覆與謀殺，使性情容易衝動暴躁的張獻忠，情緒更加暴躁，在情緒不好時大量喝酒，醉酒後出現心理變態。所謂“是蜀人負皇上，非皇上負蜀人”，是張獻忠常說的一句話。實際上這是本末倒置的說法，從根本上顛倒了君民關係。唐太宗將君民關係比喻水舟關係，君為舟，民為水，說水能載舟，亦能覆舟，這一說法歷來為明君視為箴言。與此相比，張獻忠的說法，不能不說是一種倒退，或者說是認識上的低能。有民才有君，民為邦本，君是治民的，也是為民的。皇上是民的皇上。只有皇上負民，豈有民負皇上之理！張獻忠在認識上的錯位，使他為所欲為，成為無所顧忌的暴君。在這種情況下他不僅釋出了“天有萬物與人，人無一物與天。鬼神明明，自思自量。大順二年二月十三日”的聖諭，還要在成都將此聖諭刻石豎碑以存永久。碑高九尺，取朕居九五之位，寬四尺，取朕平定四方之意。並要求碑面向北背向南。但嚴錫命則力主按照舊習慣去辦，向南面北。碑正面上部鐫刻有精美龍文和聖諭二字，下為聖諭全文。聖諭的意思，是說天生萬物給人，人們的所作所為卻對不起上天。鬼神一清二楚，每個人都要仔細地思量。另，1934年一位英國人在廣漢發現的聖諭碑上還有“殺殺殺殺殺殺殺”七字。《聖教入川記》記其事說：獻忠將自己的意圖用文字寫出來，請外國傳教士加以記錄：天造萬物為人，人人受造非為天，又曰：造天之神，即造地之神也。他請司鐸將此語速寄歐洲，使西方文人學士先睹為快。可見，張獻忠十分重視這一內容的宣傳，非但要告誡百姓，使其家喻戶曉，還要向國外宣傳。
張獻忠的聖諭裡七個殺字有沒有，是出於張獻忠之手，還是後人別有用心地加上去的？自然是需要澄清的問題。退一步說，即便真的是後人加上的，那麼前邊的聖諭文字出自張獻忠之手，大家認識上是沒有分歧的，實際上，這已經足以說明問題。在他看來，天與人是對立的，天是人類的最高主宰，是萬物的創造者，他在這裡所說的天，實際上就是他自己。他在稱帝后，每行一事，必謂奉之天命，就是想以此證明自己是天子。他還編造了一套天的理論：先前天生孔聖宣傳聖道時，早知川人不從，故生孔聖于山東，而東省人愛人，遵依聖道，而川人則相反。所以上天討厭川人，並屢降災殃進行懲罰。而今遣我為天子，剿滅此民，以懲罰他們違抗天意之罪。又派爾等司鐸航海東來，至此四川，宣揚聖道，挽救人心。而川人不聽勸告。川人的罪惡，擢髮難數。因此，上天震怒，遣我天子進行討罰。他還煞有介事地將自己有關言論加以彙編成集，美其名曰天書，指派專人收藏。他還故做姿態，編造謊言說什麼：親見天上有弓、箭、刀、矛等物，並說自己是奉天之命，不特為中國之皇，且將為普世之皇，甚至讓百官仰視天空，大家按照他的吩咐，仰望天空，齊說什麼也沒有看見，他公然說：“今日天不晴朗，故爾等未見之，且其中亦有天意存焉。天顯奇異，只令天子獨見，以便出來代天行事。”將百官看不到天有什麼顯現的原因歸結為，一是天氣不好看不清，二是隻有天子才能看見，你們不是天子，怎麼能看見呢？這全是一派胡謅！
張獻忠一再強調天與天意的地位與作用，就是為了抬高自己，神化自己，他將自己的所作所為，說成是天命，並且大力宣傳，以假為真，使百官不信而信。他的聖諭的核心，是說他給了四川人一切，而四川人都是忘恩負義的。他讓右丞相嚴錫命為聖諭碑做注，註文刻在碑陰。這種心態，在中國歷史上是僅見的。七個殺字所反映的張獻忠心態，是將對封建官紳的仇恨擴大到對人的仇恨。在他的頭腦裡，一天到晚所想的淨是人如何負於他，如何背叛他，而始終沒有想到的是，他有沒有負於人的地方以及他有沒有對人的背叛。張獻忠常說：“人命在我，我命在天。四方有路，在劫難逃。”
張獻忠在四川究竟殺了多少人，是很難說清的問題。有的說殺人在七億以上，有說殺了六億九千九百萬，在乾隆欽定《明史·張獻忠傳》裡似乎覺得過大，壓縮為共殺男女六萬萬有奇。這些言論的製造者，根本沒有想到當時的中國到底有多少人？四川一省能夠有多少人？六萬萬有奇是個什麼樣的數字。還有說張獻忠殺人，以致造成“流血若奔濤，聲聞數里。錦江盡赤，河水不流”。當然始作俑者都是各有其人。不管是誰說的，這一說法，也太離譜了，因為明朝末年全國人口總數超過一億也不會太多。四川省人口，據官方統計，萬曆六年（1578年），戶二十六萬二千六百九十四，口三百一十萬二千七十三。這個數字不是確切的人口統計，可也有根有據，三百一十餘萬與六萬萬之差別是不言而喻的？錦江是一條大江，流血怎麼能形成波濤聲聞數里？這是文學語言，不能當作信史。不少人注意到中國史籍中對張獻忠在四川殺人記述上的歪曲，指出這一點是必要的，因為先前的史書，字裡行間都滲透著一種感情，無一不把張獻忠視為“流賊”，這是不公正的，可也不能將張獻忠理想化。在考察清初四川人口銳減問題時，必須尊重事實。戰爭期間殺人是不分雙方的。張獻忠殺人與明軍殺人乃至後來的清朝入川殺人，都是造成人口稀少的原因。當然，也有多少上的區分。還有一種殺人是政策殺人，這是人為的。張獻忠的濫殺在歷史上是罕見的。在談到同一事件的史料時，不妨看一下一些當年在成都的外國目擊者的述說。古洛東的《聖教入川記》，是根據當年在成都的外國傳教士口述整理而成的。這裡說：一六四五年十一月二十二日，張獻忠下令除大西軍政官員家屬外，城內居民一律殺掉，第二天，各軍人皆奉命認真嚴剿，毫不容情。各軍分隊把守城門，餘軍驅百姓到南門就刑。無辜被拘男女在南門外沙壩橋邊，一見獻忠到來，眾皆跪伏地下，齊聲悲苦求赦，雲：大王萬歲。大王是我等之王，我等是你的百姓，我等未犯國法，何故殺無辜百姓，何故畏懼百姓？我等無軍器，亦不是兵，亦不是敵，乃是守法良民，乞大王救命，赦我無辜小民。張獻忠聽後，不獨無辜憐之意，反而厲聲狂吼：該殺該死的反叛，遂令軍士急速動刑。這裡還說：初，成都官吏見獻忠將至，逃避不遑。繼見張獻忠稱王，分官任事，以為暴雨之後，雲收霧散，將見太平。又聞獻忠有勇有為，能任國事。於是一班官吏均出任事，不知獻忠性情殘暴，稍有不順，狂怒隨之，或刑或殺，視人命如草芥。這裡所說張獻忠性情殘暴，稍有不順，狂怒隨之，或刑或殺，視人命如草芥。
沒有區別就沒有政策。張獻忠和他身邊的人都過低地估計了知識分子的操守與官紳的能動性，以為憑一紙檄書足以讓他們俯首聽命，除了暴力，他沒必要採取別的策略來緩和他與士紳之間的矛盾與對抗。在有關記載裡，我們便看到不少這樣的事例。致仕按察祖浩正衣冠，罵賊以死；致仕大理寺正王秉乾罵賊死；新繁諸費經世與賊將有舊，欲用之為官，因堅辭而被殺；漢州，諸生陳元鵬，賊執不屈死；舉人江禹澤妻陶氏偕婦張氏攜手罵賊死；諸生劉昌祚以不屈死。顯然，這些人所以被殺，最主要的原因就是拒絕與殘暴的無下限農民軍合作，不向農民軍靠攏、不接受大西政府的委任。張獻忠及其農民軍為其自身所受被壓迫的地位所驅使，將對官紳的不滿和積憤以暴力的方式宣洩出來，視不願意歸附自己的人為異己，採取極端的措施來進行懲罰，說白了就是自身殘暴本性的徹底暴露。
作為大西軍政策的主要制定者，一如既往地繼續高舉殺富濟貧的大旗來吸引各界殘暴人物，他們採取大開殺戒的極端做法，殺盡所有反叛的男男女女，可謂暴政的極端。如果不是一開始就將著眼點放在肉體消滅上，而是採取一種緩和的策略，將膨脹的仇殺情緒加以控制，擴大教育面，縮小打擊面，對官紳施行分化瓦解，團結多數，集中力量，嚴懲極少數民憤極大的罪大惡極分子，使官紳中多數也能看到希望和出路，情況必定是另一個樣子，至少要比濫殺的結果好得多。而在這方面，劉邦朱元璋的做法卻比他高明得多。他們在取得政權過程中與取得政權後一段時間裡，都是嚴禁濫殺的。