在二十世紀三、四十年代的紐約，喬納斯·喬斯達的孫子喬瑟夫·喬斯達，又遇上了新的敵人：超級史前生物柱之男。為了自己的先祖，喬瑟夫·喬斯達再次踏上了冒險旅程。

史位元瓦根成為美國著名的石油大亨，與繼承多佩地衣缽的史特雷會面前往墨西哥，嚮往永生的史特雷選擇帶上了石鬼面，並且將史位元瓦根打傷丟進河裡。jojo聽聞此事後，便在大橋上與史特雷展開決鬥，史特雷最終不敵，選擇了自殺。

時間來到1939年初，墨西哥德意志軍魯多爾·馮·修特羅海姆為救史位元瓦根，並找到柱之男桑塔納。為了激發桑塔納的神秘力量，修特羅海姆進行了一系列的實驗，終於，桑塔納復活了，而jojo此時也混進了修特羅海姆的基地，jojo和修特羅海姆合力與桑塔納發生了戰鬥，在即將勝利之時，桑塔納附身在了修特羅海姆的身上，修特羅海姆告訴jojo在歐洲還有柱之男，並讓jojo前去消滅，而這名軍人選擇自爆的方式來和桑塔納同歸於盡，可是在陽光下的桑塔納卻化身岩石，殘存了下來。

jojo緊急前往羅馬，在這裡遇到了他一生的摯友，齊貝林男爵的孫子，西撒·齊貝林。德軍帶著jojo和西撒前往柱之男所在地，打算將他們運回德國本土的避難所裡。令人難以置信的是，在強紫外線的照射下，本應該沉睡的卡茲，瓦姆烏和艾斯迪斯卻復活了，甦醒之後便開始了屠殺，弱小的人類在這種力量面前顯得不堪一擊。即便是西撒和jojo聯手，也被瓦姆烏一個人擊敗了，情況十分不妙。這時jojo使用激將法與烏姆烏在33天后決鬥。而瓦姆烏是一個十分看重戰鬥榮譽的人，便答應了jojo的挑戰。這也讓jojo爭取到了一些時間，在臨走之前，烏姆烏和艾斯迪斯將死之婚戒分別戴在了jojo的咽喉和心臟上，這是一種秘法，無法透過醫學取下，如果33天后jojo不出現，那麼他就會因為這兩枚戒指散發的劇毒而死去。

戒指溶解還剩31天，為了擊敗卡茲等人，jojo和西撒踏上威尼斯了求學之路，尋找了能教他們波紋攻擊的老師，莉莎莉莎。戒指溶解還剩30天，莉莎莉莎讓jojo二人透過攀爬石柱來提升對波紋的掌控，經歷不斷的失敗，jojo和西撒終於成功登頂，耗時61個小時，隨後便與僕從梅西奈和羅吉茲進行訓練。

戒指溶解還剩6天，艾斯迪斯前來檢視jojo與西撒的情況，將發現他的羅吉茲殺死，jojo怒不可遏，與艾斯迪斯展開戰鬥。訓練後的jojo實力突飛猛進，艾斯迪斯被jojo消滅。jojo、莉莎莉莎、西撒、梅西奈為搶奪艾哲紅石和打敗卡茲趕往瑞士聖莫里茲。當初選擇自爆的修特羅海姆奇蹟般地透過德軍的醫療技術改造成了機器人，與jojo等人一起作戰。雖然被卡茲打敗了，但是成功的吸引注意力，讓jojo奪回了艾哲紅石。

距離戒指溶解還剩5天，jojo和西撒發現了瓦姆烏的藏身之處，便選擇了乘勝追擊，無奈烏姆烏也是一名身經百戰的戰士，這場戰鬥中西撒被瓦姆烏的能力神砂嵐擊殺，臨死之際西撒將最後的波紋透過頭帶傳給jojo。

jojo和瓦姆烏開始了決鬥，內容為戰車對決，雙方勢均力敵，在最後關頭，透過西撒的波紋險勝瓦姆烏，贏得了瓦姆烏的尊重。死之婚戒的詛咒也就此解除。在匹茲貝尼拿神殿遺蹟中，卡茲偷襲並重創了莉莎莉莎，修特羅海姆，史位元瓦根，史摩基也匆忙趕來支援，而此時的卡茲已經帶上了嵌有艾哲紅石的石鬼面，成為了究極生物，即便是太陽也無可奈何了。

面對這樣的怪物，西撒等人毫無抵抗力，但是，jojo做出了一個決定。jojo坐上戰鬥機，將卡茲引到空中，獨自面對這個怪物，機槍打不死，陽光殺不死，jojo決定用飛機將卡茲撞進火山，來結束這場鬥爭。卡茲被撞進火山，jojo在修特羅海姆自毀雙腿的情況下也算是平安落地，可是，這地球上最強大的力量，岩漿卻沒有發揮想象中的作用，卡茲依然還活著。

無懼陽光的卡茲也能使用波紋攻擊了，他打算用這股力量來殺死jojo，可是卻引發了火山噴發，jojo和卡茲同時在巖盤上被掀飛，極速上升過程中，卡茲被高速的灼熱岩石再度擊中，直接將卡茲推出地球，離開了大氣層，全身凍僵失去了思考。

jojo則落入海中，被威尼斯的漁夫所救。莉莎莉莎也坦白了是jojo母親的身份，與jojo還有老婆絲吉Q前往美國定居，過上了幸福的生活。

1983年大西洋非洲海面迦納利亞群島，迪奧藏身的箱子被打撈起，故事還在繼續……