康熙元年（公元162年），鄭成功趕走荷蘭侵略者，收復了臺灣。三藩叛亂之時，鄭成功的兒子鄭經曾親率三萬兵馬出兵福建，連佔廈門、泉州等地，直到康熙十九年（公元1680年）才在清軍的進攻下退回臺灣。因此，康熙平定三藩叛亂後，將收復臺灣定為下一戰略目標。第二年，鄭經因病去世，年僅十二歲的鄭克塽襲位繼續統治臺灣。康熙抓住鄭經剛死、臺灣政局動盪的有利時機，任命施琅為福建水師提督，率軍統一臺灣。施琅的父親施大宣是明總兵鄭芝龍的得力干將。17歲時，施琅也投入明總兵鄭芝龍手下當兵。由於在東南一帶屢次剿滅草寇盜賊，戰功累累，他先後被提升為副將、遊擊將軍。鄭芝龍降清後施琅也一同歸順。不久，鄭成功以福建的金、廈諸島為根據地，舉起了抗清旗幟，施琅與父親、弟弟等人一起投奔鄭成功。

個性很強的施琅總與鄭成功政見不合，常常因為瑣事吵得面紅耳赤，二人矛盾最終激化。鄭成功一怒之下將施琅及其家人拘捕，施琅在心腹部下的幫助下逃跑，鄭成功派人追捕未果，因此遷怒於他的親人。隨後名將施琅的家人遭鄭成功誅殺，其中包括他的父親、兄弟和兒子都被鄭成功所殺，絕望中的施琅再次降清。降清後，施琅被任命為福建同安副將，後又被提拔為福建水師提督。為報殺父之仇，施琅屢次上奏請求出徵，主張以武力圍剿鄭氏。此時施琅的兒子施齊與侄子施亥還在臺灣，鄭經為了離間施琅，故意重用二人。鄭經的離間計起了效果，康熙擔心施琅有二心，撤了他的提督職位，將他調入京師，明升暗降。直到十幾年後，康熙決心武力收復臺灣，才再一次任命施琅為福建水師提督。施琅重新得到重用後，為了能在征剿中加強與皇帝的聯絡，他奏請康熙派吳啟爵一起出徵臺灣。

吳啟爵是在京侍衛，深得皇帝信任，他能在關鍵時刻往來於福建和北京之間，呈報前線情況、傳達皇帝旨意。這一請求得到了康熙的同意。施琅為避免總督和水師提督之間互相掣肘，請求康熙放權給他。康熙考慮自己遠在北京，對前線情況不熟悉，因此同意由施琅全權處理與徵臺相關的切軍政要務，不受其他地方官牽制。康熙二十一年（公元1682年），福建總督派人赴臺談判，但鄭氏不願歸順清廷，談判破裂。第二年，施琅率清水兵兩萬、戰船300艘出征臺灣，將進攻的矛頭指向臺灣的前沿陣地澎湖列島。鄭軍主帥劉國軒在澎湖列島沿岸建立了堅固的防禦工事，並集結主力部隊，決心嚴防死守。經過一天的激戰，澎湖列島被施琅攻克，雙方均損失慘重。澎湖之戰後，臺灣門戶大開，鄭氏已經沒有了與清軍較量的資本。

但清軍佔領澎湖列島後並不急於進軍臺灣，反而對被俘將士以禮相待，以安民心。鄭克塽見施琅並無殺戮之意，決定率部投降。於是，施琅不戰而屈人之兵，率2萬大軍攻佔臺灣。施琅下令禁止官兵騷擾百姓，維護社會秩序。鄭克塽剃髮歸降後，施琅當眾宣讀了皇帝詔書，鄭克塽等人面向北京謝恩。施琅入臺灣之後，做一件聰明的事，他深知民族英雄鄭成功在臺灣人民心目中的地位，尤其是在臺灣政權變換、人心浮動的時刻。施琅不負康熙厚望，處理好了國與家的關係，沒有為難鄭成功的後代。平定臺灣後，康熙帝接見了鄭克塽，對原臺灣官員給予封賞，讓他們在朝中為官。康熙不僅不認為鄭成功等是亂臣賊子，反而稱讚他是民族英雄。這使鄭克塽羞愧難當，後悔自己與清廷的敵對行為。第二年，清政府在臺灣設一府三縣，隸屬福建省。從此，臺灣進入了歷史發展的新時期。平三藩、收臺灣後，康熙帝將工作重心從打擊割據勢力轉移到經濟建設上來。為了體察民情，康熙帝率眾六次南巡。

筆者認為，鄭成功病逝後，隨著矛盾不斷激化，臺灣已由抗清陣地轉變為割據的性質。施琅率軍攻佔澎湖列島後，利用有利形勢對鄭氏集團進行招撫，順利收復臺灣。由於當時清政府對臺灣的重要性認識不足，曾有人提出遷徙百姓，放棄臺灣。施琅上奏力爭，指出放棄臺灣將嚴重威脅邊疆安全。康熙採鈉了施琅的意見，正式設臺灣府，隸屬於福建省，並在臺灣及澎湖列島駐軍鎮守。這一措施不僅有利於保衛國家安全，更對臺灣地區的開發起到了重要作用。