《繡春刀2》赦免三個人是沈練、丁白纓、裴綸。在崇禎帝最後繼位之後，赦免了原先有過錯誤的三人。崇禎帝的這種做法可以讓三個武藝高強的人重新被朝廷起用，從而也增強了自己的政治勢力。這部影片中發生故事的歷史背景是明朝崇禎年間，故事中既有懸疑神秘的色彩，也有充滿熱血的英雄主義色彩。

主人公沈煉本來是北鎮服撫司的一名錦衣衛，但是卻在一次追查案件的時候，陷入了別人的陷阱中。沈煉發現原來這是一個天大的陰謀，而自己已經無法立證清白。為了找到對方誣陷自己的證據，沈煉和同僚裴綸以及一名神秘的少女北齋，一起踏上了尋求真相的道路。這名神秘的少女其實是一個畫師，沈煉正是因為在掃除亂黨的任務中救了北齋，不得不殺死了自己的同事。從此沈煉踏上了亡命逃亡之路，但是他卻在逃亡的過程中，發現這是一個被人設計好的陷阱。在逃亡的過程中，沈煉還被迫在一名神秘女子的威脅之下，燒掉了錦衣衛經歷司。

因為身處亂世又有著救命之恩，北齋與沈煉之間漸漸萌生了情愫，但是這一切事情的發生，卻是被一個幕後的黑手操縱著。這個幕後黑手操縱的並不僅僅是沈煉的安危，而是整個朝局的政治鬥爭。沈煉就是這樣被捲入了一場複雜的政治漩渦中，每個人就像是棋子一樣，正處於嚴酷的修羅場中。