當封建歐洲和國進入文藝復興時代，經院主義開始衰亡，人文主義開始興起，教皇地位開始下隆，王國的權力開始勃興。理性主義和絕對主權開始萌芽，在加上印刷術的應用、火器的發展、新航路的發現，再加上城市生活、財富、奢侈與貧窮、商業、貿易專利和高利貸等等現象的成長，最後終於達到了“著火點”，這就是宗教改革，這也是這個普遍蘊釀的宗教性表現。
兩個最大的導火線是路德（1483-1546年）和茲溫格利（1484-1531年），而繼起者則是一個更大的火種，即加爾文（1509-1564年）。因為要使宗教恢復其原始的純潔性，這些人終於變成了宿命主義者。他們深信人類的罪惡是無可救贖的，不管他們怎樣生活，怎樣行為，可是永恆的上帝卻已註定了只有少數人能進入天堂，而極大多數都必須入地獄。這種教義是把重心由上帝移到了魔鬼身上，而同時又更加認為聖經應為一切信仰和崇拜的規律。這兩點就成為了宗教改革者的兩大基本觀念。
這三個人中，最可怕的還是加爾文，他是一個狂熱的組織者。他以“上帝的代言人”自居，認為自己的命令即代表神意。在日內瓦，他建立他自己的警察國家，他反對天主教會，而自己卻只想起而代之，他創造了一種“新型的人類”，即所謂“清教徒”，和一個新的朝代，這也可以很巧合地稱之為“聖經統治”。
西方歷史學家斯賓格勒曾在其《西方的沒落》一書中說過：“所謂宗教改革者只是把哥特神秘主義的光明的和安慰性的一方面全部取消了，但是魔鬼和魔術的神話卻仍然存在，因為它本是內在刑罰的象徵和原因，所以現在這種刑罰終於達到了其最恐怖的程度。”恨的定律代替了愛的定律。不久就產生了一大堆以魔鬼為主題的新教文學，而使宗教受到了毒害。
在今天看來，似乎很難理解像這樣的教條，怎樣會對於人們具有任何的吸引力。可是路德的熱烈神學和加爾文的冷酷邏輯卻居然獲得了人們的信仰。他們作巨大的挑戰，發動了廣泛的宣傳，把所有的各種不滿意現狀的人當作爭取的物件。許多不守清規和墜落的和尚和僧侶都願意接受這種新教，以免除其舊有的義務。許多國王把它當作一種工具，以充實自己的力量和對付帝國，並沒收教會的財產來增加其財富。新興的資本家也擁護它，因為新教不反對高利貸，並且承認新的經濟條件。被壓迫的大眾也認為這種教義可以使大家都獲得自由和放縱。
這種宗教改革所引起的糾紛，在此處無法加以深論，但是為了結束它，1555年9月25日，在奧格斯堡曾經達成了一項協議。協議的一方為菲迪南，代表其兄長查爾斯五世皇帝，另一方為奧古斯都，為路德派的薩克森選侯。根據這個條約，所有的路德派君主都從主教的統治權下獲得了自由，對於1552年帕騷條約簽訂以前所沒收的教產，也仍可以佔有不還。每一個君主有權決定其人民應信仰何種宗教，換言之，日耳曼人民的信仰不再由教會來決定，而改由其地區性的君主來決定。雖然另有一個條款，禁止沒收天主教主教的土地和財產，可是路德派卻宣佈他們並不受這個條款的約束。
加爾文派本不包括在這個條約之內，同時也不能制止新教的發展，它在帝國的境內迅速地傳播著。奧格斯堡的條約所能做到的，僅僅是建立了一個休戰的狀態，結果使日耳曼境內分成了兩個“無所不在”的對立勢力。誠如布賴斯勳爵所說的：“兩個互相敵對的制度在平行存在著的時候，是必然的會互相尋求毀滅的。”由於加爾文主義日益得勢，而另外又有一個新成立的耶穌會，一心以消滅新教為目的，所以這種互相的毀滅就更無可避免。
布拉格成為了風暴的中心。加爾文主義者在這裡的勢力已經根深蒂固。1523年，波希米亞已經歸於哈布斯堡王室手中；1575年，馬克西米利安二世的長子魯道夫，被加冕為王。1576年，他繼承了他的父親當了日耳曼皇帝，而以布拉格為帝都。1609年，被他的新教臣民所迫，他頒發了所謂“聖諭”，這個檔案不僅保證他們的宗教自由，而且還有名為“保衛者”的武力。1611年，魯道夫被他的兄弟馬提亞所廢，馬提亞在5月加冕為波希米亞國王，一年後又當選為皇帝。
此時，在奧格斯堡條約簽訂之後，又有兩個人物出現，成為新的衝突中心：一為馬克西米利安，巴伐利亞的公爵，是一個天主教徒；另一個是安哈特的克里斯蒂安王子，是一個加爾文主義者。前者認為這個條約是一個法理上的解決根據，一切問題都應以其為基礎；而後者則認為新教徒與奧地利之間是誓不兩立的。
於是一個意外事件接著另一個意外事件，終於到1607年，馬克西米利安佔領了多瑙沃思自由城。這個事件就促使安哈特的基督徒，在次年建立了一個“福音同盟”。面對這個示威的挑戰，馬克西米利安也組織了一個“神聖天主教同盟”。於是衝突似乎已成必然之勢，因為馬提亞無子，帝國和波希米亞王位的繼承人，可能將是斯提亞的菲迪南大公，他是菲迪南一世的孫子，也是一個狂熱的天主教徒。馬提亞害怕出亂子，把繼承人的選舉一直拖延到了1617年，這時已經不能再拖了。
西班牙同意支援菲迪南為候選人，但背後的條件為當他即帝位之後，願意把阿爾薩斯的哈布斯堡采地讓給西班牙王國。6月17日，國王的議員們，都是一些狂熱的天主教徒，終於選舉菲迪南為波希米亞國王的繼承人。於是，波希米亞的新教徒，以圖爾恩伯爵為領袖，拒絕承認菲迪南為嗣王。12月，當布拉格大主教違反了“聖諭”的規定，下令強迫新教徒在這個國家的教堂中舉行禮拜時，“保衛者”就在布拉格召開了一個國會。
1618年5月21日，開始集會。第二天，經過了一番激烈的爭論，國王最寵信的大臣，都被人從雷德卡尼宮的視窗拋了出來，這個事件被稱為“布拉格護教事變”。接著，波希米亞人成立了一個臨時政府，並由圖爾恩伯爵組織了一支軍隊。與奧地利之間的衝突開始於7月，當時似乎很少有人會想到這會發展成為歐洲的第一次大戰，長達三十年之久。
兩天之後，選侯會議在法蘭克福召開，以求決定究竟應該由誰來繼承馬提亞，這個會議是帝國的控制機關，不經它的同意，日耳曼皇帝不能召開國會、制定稅則、締結同盟和宣戰。這是1356年，由“黃金詔書”所建立的。它包括著三個舊教、四個非舊教的君主。前者為美因茲、科隆和提裡費斯三個選侯，都是天主教徒；後者為波希米亞國王，巴拉亭選侯和勃蘭登堡選侯，還有薩克森選侯（路德教派）。所以十分明顯，假使波希米亞國王是天主教徒，則天主教在這個機關中就具有控制力；反之，若成為一個非天主教徒，那麼他們就變成少數了。這個微妙的平衡關係即成為三十年戰爭的禍根。
在法蘭克福的會議中，只有天主教的三個選侯是親自出席的，其餘四個則均由大使代表。腓特烈的大使所接到的命令，是首先投票選舉巴伐利亞公爵馬克西米利安（天主教），但若其他的選侯都投票選舉菲迪南，則他也應該同意。結果，菲迪南當選為皇帝，稱為菲迪南二世（1619-1637年）。可是當這個決定作成之後，馬上就有訊息傳來，說菲迪南已被波希米亞人驅逐退位了。這不僅是對菲迪南個人的挑戰，而且整個帝國體系都發生了動搖，於是這個危機立即變成了一個歐洲問題。
因為菲迪南並無軍隊可以驅逐腓特烈，他就向馬克西米利安求救，在日耳曼諸君主中只有他一個人有一支常備軍。1619年10月8日，馬克西米利安同意支援菲迪南，條件為在波希米亞的作戰都由他完全控制，而在腓特烈失敗後，其選侯的頭銜應移交給他。此外，以割讓魯沙提亞為代價，菲迪南也獲得了薩克森選侯約翰·喬治的支援，這個人對加爾文派是並無好感的。此外，西班牙的腓力三世（1598-1621年）也立即給菲迪南以財政上的補助，使他能招募一萬人的兵額，並從日德蘭境內借兵八千人給他。在另一方面，福音同盟諸國都承認了腓特烈，聯合省、丹麥、瑞典也是一樣。而特蘭西瓦尼亞的國王加賓則更是與波希米亞締結了同盟。
當神聖羅馬帝國內部帶有宗教性質的內戰，缺把歐洲的英法俄瑞等主要大國全部牽扯了進來，最終讓這場戰場持續了三十年之久，而戰後的新教的地位也得到了確立，得以與天主教分庭抗禮。這也是歐洲歷史上最著名的宗教改革引起的戰爭。