柯南的推理能力在整部動漫中處於第一梯隊，同齡中更是佼佼者。柯南推理不僅非常嚴謹，而且推理速度極快，往往在其他偵探還沒有發現蛛絲馬跡的時候，柯南已經掌握大部分線索了。毛利小五郎、服部平次就是很好的背景，毛利小五郎不用多說，基本上是柯南的“發言人”，而服部平次作為與工藤新一齊名的名偵探，推理速度也略慢於柯南。服部平次推理能力也很優秀，但是在柯南面前還是稍遜一籌。

柯南幾乎完成所有案子的推理，最後也揪出最後的兇手，話說柯南推理有沒有出現過偏差呢？

一、推理偏差

《看不見的嫌疑犯》一案中，柯南依舊以精湛的推理手法找出了幕後兇手，推理案件本身沒有出現偏差，但是對於兇手南雲和琉璃關係的判斷出現了偏差。柯南認為兩人是情人關係，然而毛利小五郎判斷兩人是親生父女關係，事實證明毛利的推斷是正確的。毛利小五郎會這麼判斷，完全是因為自己就是一位父親，他透過南雲的對話就判斷出兩人是父女關係，顯然柯南還沒有這方面的體驗。

二、生活閱歷不足

《水平線上的陰謀》中，柯南同樣順利找出了線索，也透過線索和證據找出了兇手。但毛利小五郎僅透過兇手的一個護胸小動作就鎖定了嫌疑人，這點也確實讓柯南沒有想到。這不應該算推理錯誤，但是也暴露了他在閱歷方面的經驗不足，也說明了他對異性的認知沒有那麼透徹。

三、感情經驗不足

柯南畢竟還小，雖然知識面廣，但是生活閱歷還是不足的，特別在男女感情方面。他與小蘭雖然是青梅竹馬，但是都沒有談過戀愛，對於女孩子那種愛慕的眼神還是不太能夠把握的。有一集有希子對柯南說：“你挺有女人緣的嘛！”柯南第一反應就是步美，因為步美總是說喜歡柯南，這點柯南是知道的。沒想到有希子說的是小哀，柯南則不以為然，因為他不懂女孩眼神中藏著的感情，他也沒有推理出灰原哀的心思。

有希子社會閱歷豐富，作為一個過來人，這種眼神她一眼就能看穿。她認定小哀看柯南的眼神中帶有喜歡的成分，當然我也相信有希子的直覺。

柯南還是太年輕了，在對於破案本身是很擅長的，知識面廣、理解能力也是超乎尋常，但是他的社會閱歷還是很缺乏的。所以幾次錯誤推理都是在人物關係上面，因為太對於人情世故還是不怎麼精通的，畢竟這需要在社會上經過一段時間的探索之後才能真正理解的。萬能的柯南還是有推理偏差的時候，這方面毛利小五郎就比較有經驗了，幾次都是他一語道破其中的玄機，另一方面也說明了毛利小五郎也是一個合格、優秀的偵探。