在黨衛軍全國領袖希姆萊的不懈努力之下，作為納粹黨的“私黨武裝”的黨衛軍從希特勒的“御林軍”逐漸演變成為德意志第三帝國的與國防軍並駕齊驅的中堅力量。整個二戰期間武裝黨衛軍的總兵力接近60萬人，共籌建45個師，實際建設完成的有38個師。

“我們的黑色帽子上佩有骷髏標誌，藉以警告敵人，並向我們的領袖表示，我們隨時準備用我們的生命去實現他的理想。——阿洛伊斯·羅森溫克

德國在軍隊中以骷髏作為軍隊標誌的傳統最早可以追溯到17實際的普魯士，當時的皇家近衛騎兵團就將骷髏作為部隊與眾不同的標誌。

納粹黨在德國發展的過程中，黨衛隊曾建立過同樣骷髏標誌的“骷髏旗隊”，但最早的骷髏部隊並不是獨立的建制部隊而是一個相對分散的團隊型武裝力量。

波蘭戰役結束之後，納粹以黨衛軍中的“骷髏營”為基礎加入黨衛軍中其他“骷髏”旗隊籌建了第三武裝黨衛隊師，該師便是“骷髏”師的前身。

法國戰役中，第三武裝黨衛隊師作為戰略預備隊，在戰爭末期才投入戰鬥。但從該師參與戰爭開始違法戰爭法則的問題就如影隨形，在法國戰役結束之後該師一名連長因為屠殺戰俘而被判處絞刑，但這並未阻止骷髏軍團在接下來的戰爭中屠殺戰俘與平民的行為。

1940年6月該師參加法國戰役第二階段的攻勢，在該戰爭階段“骷髏”師的戰鬥力並未得到做的施展機會，面對法國兵敗如山倒的戰況“骷髏”軍團並沒有能打上一場“硬仗”。

1941年蘇德戰爭爆發後，“骷髏師”穿過斯大林防線，近逼列寧格勒城下。在接下來的德米揚斯克戰役中，“骷髏師”終於迎來了建成以來最大的考驗，蘇軍也迎來了戰場上的噩夢之戰。

1942年蘇軍的春季攻勢中，蘇軍以近衛步兵第一軍，第34集團軍42步兵旅在德米揚斯克將大約12萬人的德軍包圍在約60公里長30公里寬的區域中，“骷髏師”處於該包圍圈的核心區域。

在這場蘇軍主動發動的絕對優勢合圍戰中，“骷顱師”的戰鬥表現堪稱卓越。在極寒的天氣下面對蘇軍優勢兵力的穿插、滲透，“骷髏師”依託有限的支撐點對蘇軍進行頑強的阻擊。雖然蘇軍嘗試了多次努力但最終都無法將包圍圈中的德軍徹底消滅，甚至沒有辦法佔領“骷髏師”堅守的扎盧奇耶以北區域的陣地。

1942年3月在獲得空軍的有效補給之後德軍以“骷髏”師作為突圍主力，從拉穆舍沃的村莊方向突圍。在外圍德軍的呼應下，傑米揚斯克包圍圈內的德國人順利突圍。在這場蘇軍佔據絕對優勢的包圍戰役中，“骷髏”師以無畏生死的戰鬥意志將蘇聯拉入殘酷的陣地絞殺中，戰後蘇軍方面付出了近24萬人的傷亡的巨大代價，“骷髏師”因此一戰成名，被蘇軍稱為“戰場死神”。值得注意的是，在此次戰役中，該師沒有被俘的記錄也沒有俘獲的記錄，此中原因也就不言而喻了。

當然德軍傷亡也十分嚴重，其中最嚴重的就是處於先鋒位置的“骷髏師”，順利突圍之後該師僅剩下6700人，減員高達66%，而基於突圍之前的戰報，“骷髏師”在突圍前的1941年底的骨幹力量的損失已經超過60%。因為該師在突圍戰中的巨大損失，在此後的一段時間內該師改稱“Eicket戰鬥群”。（混編的戰鬥編組）

但是此戰也為“骷髏師”贏得了聲譽，直接促成了希特勒在1942年之後針對黨衛軍裝甲師進一步偏重，將新型的坦克交付黨衛軍部隊。

1942年該師在法國休整補充裝備，並改稱黨衛軍“骷髏”裝甲擲彈兵師。因為修整該師缺席了殘酷的斯大林格勒戰役。

1943年2月，該師重返東線戰場，在隨後的第二次哈爾科夫戰役、庫爾斯克戰役中與蘇軍血戰。

1943年10月該師改編成了黨衛軍第三裝甲師，全名“第三黨衛軍“骷髏”裝甲師“。此時的東線戰況惡化，蘇軍以強大的優勢轉入戰略反攻，“骷髏師”面對規模浩大的蘇軍進攻軍團無力抵擋與其他德軍部隊被迫回撤。

隨後不久，該師在布達佩斯解圍戰中失敗後退到維也納。為了躲避蘇聯軍隊該師輾轉於1945年5月9日向美軍投降，但因為蘇聯方面強勢索要，該師剩餘人員作為戰俘被美軍移交給了蘇軍，其命運可想而知！