順治十年（1653）八月，紫禁城內發生了一件驚天動地的大事，中宮皇后博爾濟吉特氏被順治皇帝廢黜，降為靜妃。被廢掉的這位皇后是順治皇帝舅舅吳克善家的親表妹，由於這樁婚姻當初是由多爾袞做主訂下的，兩人婚後生活並不美滿，最終以悲劇收場。

雖然順治皇帝如願結束了這一段短暫而又不幸福的婚姻，但是對於婚姻他卻不能自作主張，一切都要以金蒙聯盟為重。1654年5月，又有一位來自蒙古科爾沁草原的女子被送到了紫禁城，這位女子同樣來自博爾濟吉特氏家族，她的父親綽爾濟是順治的表兄弟，這樣來看，這位女子應當是順治的表侄女或姑父（順治廢后是她的姑姑）。當年的6月，博爾濟吉特氏被冊立為皇后，入主坤寧宮。

雖然這位博爾濟吉特氏相對於她的姑姑來說老實本分，但是敦厚淳樸的性格怎能贏得少年天子順治的歡心？雖然在順治第二次大婚之前不久，佟妃為他生下了皇三子玄燁，但是卻絲毫不能激發他那熾熱的心，他十分希望能有一位紅顏知己來暖化自己的內心。幸運的是，這位女子很快就到來了。

順治十三年（1656）八月，紫禁城裡迎來了一位來自董鄂氏家族的女子，這名女子擁有傾國傾城之貌，而且德才兼備、溫柔賢淑，一入宮便獲得了少年天子的青睞，被封為賢妃。順治帝對董鄂妃的寵愛很快便達到了無以復加的程度，幾個月後，董鄂妃便晉封為皇貴妃，為此順治皇帝甚至為其大赦天下，一切禮制以皇后規格辦理，這在清朝歷史上是絕無僅有的，董鄂妃也就此成為了清朝歷史上第一位皇貴妃。然而，順治皇帝並不滿足，甚至想將董鄂氏立為皇后，因皇太后、大臣的極力反對和董鄂妃的勸阻這才作罷，不過博爾濟吉特氏當時的皇后之位差不多已經名存實亡了。

隨後不久，董鄂妃和順治皇帝相繼離開了人世，1661年，年僅21歲的博爾濟吉特氏就成為了大清的皇太后，與康熙的生母孝康皇太后兩宮並尊。然而，兩年後康熙皇帝生母佟氏病故，照顧少年康熙的重擔就落到了博爾濟吉特氏的肩上了，在此期間，博爾濟吉特氏與康熙皇帝結下了深厚的母子親情。在博爾濟吉特氏的撫養下，康熙皇帝逐漸成長為一名出色的帝王。

孝莊皇太后病故之後，博爾濟吉特氏幾乎成為了康熙最為親近的人，她在康熙皇帝的精心照顧下身體一直很康健，竟然一直做了57年的皇太后，一直到康熙五十六年才去世，終年77歲。康熙皇帝為博爾濟吉特氏上諡號為孝惠章皇后，孝惠章皇后成為了清朝在位時間最長的皇太后。

值得一提的是，孝惠章皇后還有兩個比較親近的關係，第一，她的妹妹博爾濟吉特氏同樣嫁給了順治皇后，即後來的淑惠妃。第二，她的姐姐博爾濟吉特氏是簡親王濟度（濟爾哈朗之子）的嫡福晉，而濟度的次女（嫡福晉所生）則被順治收為養女，即和碩端敏公主，端敏公主成為了孝惠章皇后的外甥女兼養女。