公元前213年和公元前212年，對於儒家來說，是一段最黑暗的時期。因為這一年時間，秦始皇實行“焚書坑儒”，最後儒家在這場浩劫中存活了下來，到了漢朝。漢武帝實行“罷黜百家，獨尊儒術”，儒家思想從此影響中國2000多年，可謂是諸子百家中笑到最後的贏家。
儒家能在浩劫中能存活下來並能笑到最後，最該感謝的其實是秦始皇。
秦始皇是“焚書坑儒”的發起人，要不是秦始皇，儒家也不會有此劫難，為何儒家要感謝秦始皇呢？
一、秦始皇“焚書坑儒”坑掉了妄議的儒生，保留了最新學問的大儒
歷來，“焚書坑儒”是秦始皇的黑點，被認為是暴君般的存在。近來，一些竹簡的挖出及史料的研究，發現有些是冤枉秦始皇了。
“焚書坑儒”並不是把全部的書燒燬，坑儒也不是全部儒生，大部分是術士。
我們先來看下“焚書坑儒”的前因後果吧。
秦朝統一天下後，秦王的稱號也換成了秦始皇，既然打下了天下，那就該好好享受了。不過，秦始皇很快發現統一天下後，要做的事情更多了。以前秦國只需防備挨著秦國的胡人，現在天下都成自己的了，外圍的胡人也都要開始防備了。還有各國文字、貨幣也都不一樣，一個國家，多種文字，多種貨幣，這還叫同一個國家嗎？
秦始皇開始了勞模的生活，書同文、車同軌、統一度量衡、修長城等事情成了秦始皇要做的一項項清單。秦始皇想著畢其功於一役，自己把所有的事情都處理好，那麼自己的後世子孫只要照做，大秦就可以千秋萬代地傳下去，到萬萬世。
由於事情太多，又講效率，自然引起一些人的不滿。博士淳于越認為應該像西周那樣施行分封制，正是西周的“分封制”，諸侯尾大不掉，秦國才得以上位。秦始皇自然不會實行一眼看得見缺陷的決策。
李斯趁機向秦始皇建議把諸子百家的書籍交給官府焚燬，只留下秦朝歷史、醫學和農學的典籍。秦始皇同意了。這裡是讓人們主動交出來，但是人們藏起來，不拿出來，官府也就睜隻眼、閉隻眼了。這也導致許多人手上有書，孔子的八世孫孔鮒得到好友陳餘的忠告，把祖上傳下來的書籍藏在房屋的夾壁之中，使後世能重見天日。
不過，事情越做越多，一個問題解決了，另一個問題又冒了出來。秦始皇原來一頁的待辦清單也漸漸成了一卷清單。秦始皇沒日沒夜地幹，感到自己的身體越來越吃不消了，他就想向天再借500年，來處理帝國的事情。
於是，盧生、候生這樣的方士便登上了舞臺。他們說自己能替秦始皇求取長生不老藥，秦始皇很高興，給了他們很多賞賜。結果，過了不少時間，長生不老藥連影都沒有，兩人害怕了，便逃跑了，途中還四處說秦始皇的壞話。
秦始皇很生氣，因為自己平時十分尊重盧生和侯生，感覺自己一片真心錯付，被渣男欺騙。若要是一般人能有機會報復的話，肯定會報復的，就比如砍了渣男幾十刀，刀刀避開要害。而如果是皇帝的話，那麼結果就會很恐怖。
這時，秦始皇正好聽到探子回報有些書生私下裡諷刺國政。一怒之下，將四百六十多人全部坑殺，大部分是術士，少部分是儒生。
秦始皇雖然坑殺了部分儒生，但這部分儒生多是評論國政的。而其他醉心於學問的大家並沒有在名單上。像孔子的八世孫孔鮒頭上有在藏好書後，在嵩山隱居，閒暇時教導了一百多弟子，這是以後儒家崛起的火種。這些人專注學問，十分精深，又各自收徒，使儒家獲得了很好的傳承。
到漢朝後，很多儒生的文才都非常好，如“不問蒼生問鬼神”中的賈誼，小學教科書上的《過秦論》便是他所寫。
二、“焚書坑儒”使儒家學會了入世需要隨機應變
秦始皇“焚書坑儒”對儒家是一個打擊，但同時也讓儒家很多人醒悟理論知識再精深是沒有用的，要想獲得官方認可，需要隨機應變。
後來，劉邦得了天下，建立了漢朝。由於是小混混出身，所以劉邦對儒家這些凡事講究禮儀的儒生很不喜歡。
儒生叔孫通本來都是穿著儒服，因為劉邦看著很討厭。叔孫通立馬換成楚人短衣服的打扮，劉邦心裡很高興，便任命他為博士。
宴會上，很多大臣喝酒後發酒瘋，大呼亂叫，甚至拔劍擊柱，弄得場面十分難堪。、
叔孫通這時向劉邦建議讓儒家設計一套禮儀來規範大臣們的行為。
劉邦說你試著來吧，我就一個要求：要簡單易學，不能太繁瑣。
叔孫通找了一些儒生，用草人推演。成功後，讓劉邦觀看演習，劉邦同意，群臣開始排練。
朝會時，天亮之前，有人領著諸大臣依次進入殿門。有人喊一聲“趨”，大臣們便站到臺階的兩旁，功臣、列候、將軍全都按順序面朝東站在西邊，丞相等文官面朝西站在東邊。
最後皇帝劉邦從後宮出來，貼身人員拿著旗子，喊話讓大家注意，大臣們依次向皇帝朝賀。
在宴會上，按爵位高低依次向劉邦敬酒，酒過九巡，有人宣佈宴會結束。如果有不符合禮法的，負責糾察的御史就會立即把他們拉出去。整個朝會，從開始到結束，沒有人敢失禮，再也沒有之前宴會上的那種發酒瘋。
劉邦非常高興，感嘆自己才體會到了皇帝的尊貴。立即封叔孫通為太常，並賜給他五百兩黃金。
叔孫通趁機要劉邦提拔一些儒生做官，劉邦也全都答應。
儒生們都說叔孫通是個聖人，能把握住形勢的需要。
後來的董仲舒也學叔孫通，將法家、道家、陰陽家、儒家等思想融於一身，為漢武帝量身打造了一個以儒學為名的新思想。漢武帝非常中意，實行“罷黜百家，獨尊儒術”。
秦始皇用“焚書坑儒”給儒家上了一堂課，使儒家進行了改變，由此在諸子百家中笑到了最後。雖然此時的儒家也不再是原來的儒家，但文明的發展也是如此。只有相容並收，符合時代的需要，才能在時代中發揚光大。