1860年初春，太平天國傳奇名將李秀成、陳玉成親自率隊，以“圍魏救趙”之計一舉摧毀清軍苦心經營兩年之久的江南大營，取得了太平天國晚期難得的一次勝利，讓深陷內憂外患的洪秀全看到了一絲轉機。
當時，兩江總督何桂清駐守常州。當太平軍大舉進攻之際，何桂清見勢不妙，就想“腳底抹油——溜之大吉”。浙江巡撫王有齡察覺何桂清有棄城逃跑的苗頭後，致信告誡他：“事棘時危，身為大臣，萬目睽睽，視以動止。一舉足則人心瓦解矣。”
然而，當太平軍攻破丹陽，兵鋒直指常州時，被嚇破膽的何桂清還是坐不住了。布政使薛煥、總理糧臺查文經等人深知何桂清的心意，便勸說他放棄常州，儲存實力，日後再戰。何桂清畢竟是兩江總督，不便於直接棄城逃跑，便將蘇州軍事部署託付給欽差大臣和春，自己以到蘇州籌集糧餉的名義離開常州。
常州士紳得知了何桂清離開常州的訊息，敏銳地判斷他要棄城逃跑。兩江總督倒是一走了之，常州老百姓又將怎麼辦？何桂清身為兩江總督，對得起常州老百姓嗎？於是，常州部分士紳將何桂清一行攔住，跪求他不要離開。
何桂清哪裡肯聽常州士紳的苦苦哀求。他被士紳攔住後，惱羞成怒，竟然下令親衛隨從開槍，打死了19名常州士紳，才殺出一條血路，逃出常州。可何桂清來到蘇州時，江蘇巡撫徐有壬拒不開啟城門，還上奏朝廷，彈劾何桂清“棄城喪師”。何桂清只好藉口借外國軍隊，一口氣逃到上海外國租界。
當何桂清逃走後，常州老百姓自己籌備抵抗事宜。數日後，常州被太平軍攻破，和春身受重傷，逃至無錫時自殺身亡。再過幾天，蘇州也淪陷太平軍之手。徐有壬死於巷戰之中，為國殉節。臨死前，徐有壬再次上梳清廷，對何桂清進行嚴厲彈劾。
在太平軍攻陷江南大營的戰事中，欽差大臣和春自殺，江蘇巡撫徐有壬戰死，與何桂清的棄城逃跑形成了鮮明的對比。咸豐皇帝震怒，著即將何桂清革職拿問。
不過，就在這時候，第二次鴉片戰爭進入新階段，英法聯軍攻入北京。咸豐皇帝倉皇逃往承德避暑山莊，讓這件案子擱置了兩年。
1862年，當英法聯軍撤出北京後，何桂清的案子重新開審。新任江蘇巡撫李鴻章將何桂清逮捕歸案，送到北京聽候處置。
如何處置何桂清呢？眾說紛紜。刑部直隸司郎中餘光倬“引封疆大吏失守城池斬監候、秋後處決律，謂何桂清擊殺執香跪留父老十九人，忍心害理，罪當加重，斬立決。”恭親王奕訢，吏部尚書祁寯藻等朝廷重臣，以“一品大員，用刑宜慎”為由，建議免除何桂清一死。而大學士六部九卿翰詹科道會議此案，又維持刑部原判，大理寺卿李棠階認為何桂清身為兩江總督，罪不容誅，“刑賞大政，不可為謬悠之議所撓，今欲平賊，而先庇逃帥，何以作中興將士之氣？”
雙方說得都有道理，讓那個慈禧太后感覺此案很是棘手，便下諭旨，稱“何桂清曾任一品大員，用刑宜慎，如有疑義，不妨各陳所見”。揣測慈禧太后本意，是想何桂清固然按律當誅，但當前正是用人之際，冒然誅殺兩江總督這樣級別的封疆大吏，難免會使得人心渙散甚至於人人自危。而且何桂清強力支援江南大營的建設，遏制曾國藩湘軍的擴張，符合朝廷之意，能夠不殺的話，不妨留他一命。
就在這時候，清廷令繼任兩江總督曾國藩查復何桂清退往蘇州的稟牘問題。一直關注此案的曾國藩，終於逮到機會發布自己的看法了。
曾國藩與何桂清素有矛盾，在朝廷裡幾乎是公開的秘密。
何桂清的資格比曾國藩還老，他是1835年的進士出身。這一年，曾國藩也參加了會試，不料名落孫山。何桂清仕途很順利，他性格驕橫自大，向來看不起曾國藩，在江浙一帶屢屢排擠曾國藩。曾國藩一度失寵於朝廷，更是被何桂清騎在頭上，受盡奚落。這次，曾國藩出動了所有在北京的耳目，密切注視事態發展，就是打算一舉擊敗何桂清。
何桂清為官多年，在朝廷裡自然會有一幫人支援。在曾國藩看來，支援何桂清的人越多，自己越要將他置之死地。於是，曾國藩向朝廷奏報，先是詳細分析了督撫權重的弊病：“臣在外多年，忝任封疆，竊見督撫權重，由來已久，黜陟司道，榮辱終身，風旨所在，能使人先事而逢迎，既事而隱飾，不特司道不肯違其情，即軍民亦不敢忤其意。”
接著，曾國藩說：“十年七月（咸豐十年，即1860年），嘉興大營將弁聯名數十具呈，請留何桂清在蘇，暫不解京，求臣轉奏，由王有齡移諮到臣。臣暗加察訪，不過親近軍中數人，並非合營皆知，是以未及代奏，而王有齡已兩次具奏。觀營員請留之呈，則司道請移之稟，蓋可類推，無庸深究。”
最後，曾國藩針對公卿督撫為何桂清脫罪的理由之一，是何桂清棄城逃跑出於僚屬的請求，陰惻惻地說：“疆吏以城守為大節，不宜以僚屬之一言為進止；大臣以心跡定罪狀，不必以公稟之有無為權衡。” 意思是是封疆大吏，行止進退，應當自有主宰，不當取決於僚屬。
曾國藩一錘定音，成了壓倒何桂清的最後一根稻草，何桂清就死定了。當年12月21日，何桂清在北京菜市口法場被執行死刑，棄市。《清史稿》不無惋惜地評論何桂清：“以才敏負一時之望，膺江表重寄。桂清無料敵之明，又失效死之節。身名俱隕，罪實難辭。”也算蓋棺論定了。
【參考資料：《清史稿》《論曾國藩與何桂清爭奪江浙地盤的鬥爭》等】