關於南北朝時期，南朝與北朝到底誰是正統的爭議。其實，從南北朝這稱謂上，就已經表明南北朝都獲得了後世的肯定。作為被承認的正統政權，後世通常稱其為“朝”或“代”。而沒有獲得“正統”認可的政權，後世通常稱其為“國”。如東晉十六國時期，東晉被公認為正統王朝，而十六國被認為同期並存的割據政權。五代十國時期，五代（梁唐晉漢周）被認為是正統，南唐、吳越等同期並存的勢力則被視為割據政權。

按理說，“天無二日、民無二主”，某時期內的“正統”政權也應只能有一個。誰擁有無可辯駁的正統，即意味著誰掌握了政治的號召力，就更容易獲得百姓的支援，從而擁有政治優勢。說白了，這正統的價值，就是曹操手中的漢獻帝。而“漢獻帝”（正統）卻只能有一個，故這才引起了雙方對“正統”的爭奪。

引發我國史上第一次正統之爭，是關於蜀漢與曹魏的正統爭議，雖當事都雙方各執一詞。但後世基本上都是肯定曹魏為正統，而認為蜀漢為割據政權。陳壽在編修《三國志》時，也是以曹魏為正統，故記曹操、曹丕等為《武帝紀》、《文帝紀》等。而記劉備、劉禪、孫權等則為《先主傳》、《後主傳》、《吳主傳》。自司馬遷的《史記》首創了“紀傳體”，後世各朝的史書亦大體採取“紀傳體”，將正統皇帝傳記的稱為《某帝紀》，而非正統皇帝的皇帝則記為《某主傳》。

其次，談及正統，還是考慮到“正統”的延續性。王朝的更迭，主要有兩種方式，一是透過禪讓傳承（如漢魏晉宋齊梁陳，北魏-東魏-北周-隋唐-梁唐晉漢周-宋）；另一是透過革命取代（如漢、明等）。而從魏晉到宋齊梁陳，都是有明確的禪讓程式，否定了曹魏的正統性，也就從根源上否定了兩晉到宋齊梁陳的正統性。

故而，蜀漢與曹魏正統之爭，可以說基本上是曹魏一方勝出。

那為何南北朝雙方，為了正統之爭，而打了一百多年的口水仗（南朝稱北朝為索虜，北朝稱南朝為島夷），卻不能判出勝負結果呢？

站在華夏民族的角度上，首先得肯定南朝為正統，這不但是華夏民族自我肯定，就連當時的北方少數民族也得從心理承認南朝是正統（雖表面上不願承認）。東晉十六國時期，前秦丞相王猛與符堅之弟——符融，都勸諫苻堅勿征伐東晉，其反對的理由就是：東晉雖僻處江南，但是為華夏正統，人心向晉，不宜征討。

但是，最終實現大一統的，卻是源出北朝的隋。隋唐的正統性都無可置疑，而隋唐的江山在名義上又是從北朝這一支系禪讓而來。從北魏-西魏-北周-隋-唐，也都是有明確的禪讓程式，既然肯定了隋唐的正統性，也就很難從根源上否定了北朝的正統性。

而從唐朝的編修史書，即可得出唐人的這種態度。在唐朝房玄齡主修的《晉書》中，並沒有把同期並存的十六國政權歸入《某主傳》，而是稱為《載記》。唐·李延壽對南北朝時期這段歷史，分別修了《南史》與《北史》。此外，唐·李百藥編修《北齊書》，唐·令狐德棻主撰《周書》也都肯定了北齊、北周（北朝）的正統地位。

當然，也有人否定北朝的正統性，其中的代表就是宋朝的司馬光。司馬光主編的《資治通鑑》是紀年體史書。全書按朝代分為十六紀，即《周紀》、《秦紀》、《漢紀》、《魏紀、《晉紀》、《宋紀》、《齊紀》、《梁紀》、《陳紀》、《隋紀》、《唐紀》、《後梁紀》、《後唐紀》、《後晉紀》、《後漢紀》、《後周紀》。

此十六紀，即宋人（司馬光）肯定的十六個正統朝代，即：周-秦漢-魏晉-宋齊梁陳-隋唐-五代（南朝有”紀”，北朝無“紀”）。司馬光認為隋唐的正統性並不來源於北朝，而是隋兼併了南朝陳，承繼了南朝陳的正統。但是，司馬溫公的觀點，並沒有徹底扭轉後人對北朝正統性的看法，也許是其理由並沒有那麼說服力。而從後人將這段時期並稱為南北朝，表明了南北朝都獲得了後世的充分肯定。