清朝入主中原後推崇漢家的程朱理學作為官方哲學和正統思想。到康熙時，熱衷漢家經典，熟讀經書、倡導儒學，尤為尊崇朱熹，推崇程朱理學。他特別重視用情家三綱五常對百姓進行“教化”。

1670年， 清朝頒發《聖諭十六條》， 把程朱理學作為官方正統，把儒家三綱五常，道德倫理作為具體化指導百姓日常的行為準則。雍正帝又親自對《聖諭十六條）加以註釋發揮，刊為《聖諭廣訓》，頒發全國，以期家喻戶曉。乾隆帝在位時，進一步從價值觀念、世道人心的深層入手，用儒家的綱常名教、倫理道德來統一思想，維繫人心，力圖使廣大臣民心甘情願地做朝廷的“忠臣”與“順民”。

同時清朝統者害怕漢族人民和知識分子的反抗，因此加強思想文化專制，大興文字獄。據不完全統計，在康、雍、乾時期，有記錄的文字獄就有100多起。清代文字獄名目繁多，有“大逆不道”、“反清思明”、“語多悖謬”、“譏議時政”、“妄加指點”、“悖逆聖道”、 “ 詆譭孔孟”等，甚至還有“語多傲慢”、“疏狂浮薄”，不一而足。而罪名用得最多的是“謀反”和“大逆”兩項，如“莊廷鑨明史案”，就是以此定案。

清初湖州富商莊廷鑨，購得明末學者朱國楨所撰《明史》，請人加上一段崇禎時的史事， 用自己的名字刊印。書中對史實直言不諱，並使用弘光、隆武等南明年號。康熙時，湖州知縣想邀功請賞，便把莊廷鑨的事揭單發了出來，罪名是書中有反清的內容，屬於“大逆不道”。當時正是康熙皇帝年幼，鰲拜專權的時候，對此案處理極重，莊廷鑨已經去世，他的屍體小時被挖出來砍碎，叫戮屍。為這本書作序、校對、刻印、銷售的人統統處死刑，還有幾百人充軍邊疆。

而許多所謂“謀反”、“大逆”案，純屬尋詞摘字、斷章取義、牽強附會。例如：禮部侍郎查嗣庭按當時科舉考試從五經出題的慣例，以《詩經》中“維民所止”為考題，本意是歌頌清朝皇帝賢明，雍正帝卻認為“取雍正字，去其首，誹謗大逆”，查嗣庭被捕入監獄。後來他病死獄中，還被戮屍懲處。清代文字獄涉及面廣，案犯身份涉及社會各階層，株連甚眾。往往一個案件牽連幾個省，株連數百人。有的從發案到結案拖延十多年，對，“濡緩折磨，使之倍嘗痛楚”。實行文字獄的後果是阻礙了科學技術的發展以及思想文化的傳播，致使社會上現實的問題無人敢於問津，極大妨礙了社會的進步。

清朝統治者推崇漢家的綱常倫理，大興文字獄，加強對百姓的思想控制，實際上是為了鞏固自身的統治地位，試圖把全國的人們變為清朝的順民。這也導致了國民思想的冷漠，麻木不仁，為後期陳獨秀先生創辦新青年埋下了伏筆。