在朱由檢接手明朝之時，朝政仍由客氏、魏忠賢為首的勢力把持。以至於，他們都沒把朱由檢這個皇帝放在眼裡，以為他和前任皇帝一樣還是會被自己操縱。雖然，朱由檢在心裡早想除去魏忠賢等人，但剛開始的時候，還是很忌憚他們的勢力。

於是，在小心翼翼避過一些暗算後，終於還是剷除了他們。

據說，朱由檢剛入宮時，吃食都是偷偷從自家帶來的，連魏忠賢送給他的美人，都被他查出她們身上帶有春藥——迷魂香。雖然，朱由檢除掉了讓人痛恨的魏忠賢之流，但他卻為了培植私人勢力，重新任用了大批太監。

因為，朱由檢不相信文武百官，在17年間竟然換了17個刑部尚書和50個內閣大學士。最終，造成國家人才匱乏，有心報國的仁人志士既不肯也不敢為其請纓效命。

雖然，朱由檢有心振興明朝，但前人留給他的實在是一個破敗不堪的王朝。其中，民不聊生，內憂外患，朝政混亂等詞，依然難以概括當時的現狀。而此時的朱由檢，顯得很沒有耐心，不僅濫殺大臣，還增加賦稅。

除此之外，朱由檢還沒有意識到農民起義的根本原因，只是想簡單地用武力進行鎮壓。想來，朱由檢應該是沒有好好體會明朝祖先朱元璋的開國故事。所以，當李自成兵臨北京城下之時，他覺得愧對祖先，最終，選擇了以身殉國。

其實，看朱由檢殉國前對子女的安排，還是能看出他內心的一絲希望。朱由檢有7個兒子6個女兒，其中，次子、五子、六子和七子早夭，女兒中有4個早夭。當時，朱由檢有安排剩下的3個兒子出宮：

一種說法是讓他們逃亡南邊；

一種說法是安排他們去了外公家。

當年，李自成進攻北京時，兵分兩路：

一路從山西直取北京；

一路是南下去了山東。

所以，朱由檢的兒子應該是無法逃到南邊的。

然而，傳統學術界則認為，北京城破後，朱由檢的兒子都被俘了。其中，長子也就是皇太子朱慈烺，還被李自成封為了宋王。只是，後來李自成被迫撤出北京時，朱慈烺卻不知所蹤了。而朱由檢的另外兩個兒子，後來也是下落不明。

不過，《清實錄》記載了康熙四十七年（1708）的一樁“朱三太子案”，說是該案中的“王士元”自稱是崇禎的第四個兒子朱慈炤。於是，民間就有了各種“朱三太子”的故事版本，還說他們三人當年“莫名其妙”地逃出了李自成的軍營，然後，各奔東西了。

老大皇太子跑到了外公家，結果被“嫌棄”，一種說法是外公告密，使他被清兵抓了。而且，在審訊他時，清廷還讓原來明朝皇宮裡的太監指認。結果，他不僅被殺，連說他是太子的那些人也一一被殺了。理由很簡單：他是假太子，那些人都說了謊。

至於老三和老四的故事，說法各異，甚至，連姓名都不吻合。有人說，後來清廷編修史書時，故意將其中一個皇子寫成了“早夭”，就如“王士元”。明明是“朱三太子案”，可是，民間卻為何出來了朱由檢第五個兒子的名字朱慈煥（見《清碑類鈔》）。真是讓人亂了頭緒，這難道真是清廷為了掩蓋他們除去明朝皇子從而故意混淆視聽的嗎？

其實，清廷沒有必要在編修史書上和明朝的幾個皇子過不去。

當時，雖然還有反清的聲音，但是，大局基本已定，能辨認皇子的人，估計都已作古了。至於，自稱是皇（太）子的人，更多的是想借此來拉攏一批人以對抗清廷罷了。

再看看“朱三太子案”的定名，更有可能是清廷的一個“泛稱”。其實，明朝皇室的確有三個皇子，這是毋庸置疑的事實，也是清廷重點抓捕之人。但是，在那樣的亂世年代，任何一個人都有可能成為太子，只要他擁有最正宗的明皇室血統。

可見，在清初很長一段時間內，“朱三太子”已經成了一面不倒的旗幟。

然而，從來沒有在民間生活過的皇子，如何能在亂世中保全自己？都說李自成放過了他們，但是，他的那些手下，會不會也是如此客氣呢？想要推導當年的場景是相當難的，所以，僅靠一些文字來推斷是很難有說服力的，沒準過程比我們想象的還要曲折。