朱元璋去世後不久，他的孫子朱允炆的皇位，就被燕王朱棣給奪了。朱允炆能那麼輕易地丟掉皇位，朱元璋要負很大的責任，朱元璋去死時，留下輔佐朱允炆的人，多是方孝孺、齊泰、黃子澄等文臣，他們治理江山和打仗都不在行，而跟隨朱元璋打天下的功臣，徐達、常遇春、傅友德、藍玉等人，不是已經病逝了，就是被朱元璋殺了，這導致朱允炆無將可用，才輸掉了戰爭。

朱元璋拿下天下後，按照嫡長子繼承製的傳統，將其長子朱標立為了太子，還細心培養朱標，讓他協助自己處理國事和監國，還讓李善長、徐達、常遇春等人，做了太子少師、太子少傅和太子少保，讓他們輔佐太子，胡美、藍玉、廖永忠、湯和、耿炳文等人，也在太子府中有兼職。

按照正常節奏，朱元璋去世後，朱標會接替他的皇位，但讓朱元璋始料不及的是，朱標卻先他一步去世了。朱標死亡，朱元璋還有二十多個兒子，尤其是燕王朱棣、寧王朱權等，都是很優秀的，朱元璋可以在他們中選擇一個，但按照嫡長子繼承製原則，朱標去世了，次子朱樉就成了嫡長子，但是次子朱樉，三子朱棡能力平庸，朱元璋看不上，他心儀的人選是四子朱棣，但是在朱樉、朱棡還活著的情況下，他傳位給朱棣，可能會引發他們的不滿，爆發內戰。

鑑於這種情況，朱元璋最終在大臣的建議下，將皇長孫朱允炆立為了太子，讓朱允炆做了儲君。

朱標的才能很好，由於他是家中的長子，他的一眾兄弟都很尊敬他，朱標不死，朱棣大機率不會造反。還有，朱標在明朝大臣中也很有威望，大臣都很尊敬他，所以朱標有能力駕馭住明朝的一眾開國功臣，但即便如此，朱元璋還是為了鞏固朱標的皇位，派了李善長、徐達等人去輔佐朱標，但是朱允炆性格更加荏弱，威望更弱，朱元璋為何不將藍玉留下來去輔佐朱允炆？

朱元璋剛當上皇帝時，還比較重情義，並不想殺掉跟隨他打天下的功臣，但是他朱元璋出身底層，跟隨他打天下的兄弟，不少人只是將他當成一個帶頭大哥。朱元璋做了皇帝后，他們的觀念還沒有轉變過來，沒有將朱元璋當成高高在上的、九五之尊的皇帝，這導致他們對朱元璋多有怠慢，行為也很跋扈，讓他們和朱元璋的矛盾越來越深，胡惟庸、楊憲等人，被朱元璋給殺了。

這個階段，朱元璋殺人還是有節制的，功臣犯罪後，他找到把柄後才會殺他們。因為在朱元璋看來，徐達、常遇春等人都是忠於他的，而且太子朱標的能力不錯，有徐達、常遇春等人輔佐，朱標能駕馭住一眾開國功臣，所以沒有必要，害怕功臣會造反而奪取大明的皇位。還有，元朝殘餘勢力只是逃到了北方，有捲土重來的可能，所以朱元璋還要留下他們幫助大明抵禦外敵。

不久之後，朱標卻先他一步去世了，這打亂了朱元璋的部署，讓朱元璋陷入了恐慌。朱元璋雖然隨後選擇了朱允炆做繼承人，但朱允炆性格太荏弱了，再加上他年齡小，是明朝開國功臣的晚輩，還沒有什麼功勳和貢獻，自然開國功臣內心很輕視他，未必會忠於他。

明朝的開國功勳，部分在朱元璋面前都很跋扈，在小一輩的朱允炆面前，就更加猖狂了，朱標做皇帝，朱元璋還放心，因為有徐達、常遇春等人輔佐，朱標能壓制住一眾開國功臣，但是朱標病逝後，朱元璋信任的徐達等人也相繼病逝了，這讓朱元璋放心不下其他的開國功臣了。

此時，朱元璋年齡已經很大了，他預感到自己時日無多，他再也不能像朱標那樣，慢慢地培養朱允炆，給他打造一個信得過的，能控制住大局的輔政班子，所以已經時日無多的朱元璋，選擇了最快捷的方式，就是將他不信任的開國功臣全部殺掉，這樣他們就不會威脅到朱允炆皇位了。

元朝的殘餘勢力，在明朝的不斷征討下，已經日薄西山，對大明構不成威脅了，朱元璋還將自己的幾個兒子，朱棣、朱權等人，分封在了邊疆，讓他們鎮守大明邊疆，可以確保大明邊疆的穩定。由於自己的一眾兒子，可以肩負起保衛大明江山的重任了，所以大明的開國功臣，對朱元璋來說已經可有可無了，但是將他們留下來，在自己去世後，還會威脅到朱允炆的皇位。

藍玉是明朝的開國功臣，他率明兵在捕魚兒海中大破北元，為明朝建立了赫赫功勳，所以朱元璋將他安排在了朱標身邊，讓藍玉去輔佐太子朱標，但是在太子朱標死後，北元已經對大明沒有威脅了，藍玉卻成了儲君朱允炆的威脅，所以朱元璋在自己去世之前，也將藍玉給殺了，但卻給朱允炆留下了麻煩，不久之後，朱棣起兵造反，他無將可用，被燕王朱棣奪取了皇位。