趁著孫恩之亂，朝廷無力干預，桓玄先後擊敗殷仲堪和楊佺期，基本恢復了桓溫當年的地盤，他志得意滿，想要完成父親未竟的事業。

所以，桓玄一直在厲兵秣馬，密切關注著朝廷的一舉一動。

隆安五年（公元401年）六月，當聽說孫恩逼近建康時，桓玄立即集結軍隊，向朝廷呈上疏奏，請求帶兵征討孫恩。

讓你來平叛豈不是引狼入室？司馬元顯找不到理由拒絕，恐慌不已。

幸虧在劉裕和劉牢之的威懾下，孫恩很快撤退，司馬元顯連忙以詔書制止桓玄起兵，桓玄無奈，只好命令部隊解除戒備。

十二月，桓玄向朝廷奏請，以他的哥哥桓偉為江州刺史，鎮守夏口；以司馬刁暢為輔國將軍、督八郡軍事，鎮守襄陽。

對於桓玄的奏請，東晉朝廷無敢不從，全都允准。

接著，桓玄又派麾下大將皇甫敷、馮該據守湓口，強行遷移沮水、漳水流域的兩千戶蠻族到長江以南，設定武寧郡，又把四處流浪的饑民招集在一起，增設綏安郡，視朝廷如無物。

不僅明目張膽的設定郡縣，桓玄還將應朝廷之命入朝的廣州刺史刁逵和豫章太守郭昶之扣押，不讓他們前往建康。

種種跡象表明，桓玄離自立門戶只剩最後一層窗戶紙了。

此時，桓玄擁有東晉三分之二的疆土，多次讓人呈上符瑞，以此迷惑百姓，又給司馬道子寫通道：“孫恩上次逼近京師，並不是因為力量不足而退走，而是天時不順。王國寶死後，王恭沒有乘勢統領朝政，可見他對您沒有絲毫的不敬，您卻說他不忠。朝中並非無人可用，只是您不能相信他們罷了！長此以往，日復一日，以致釀成今日之禍。朝中大臣害怕您，不敢說話，我是在外地才敢直言。”

桓玄的這封信，無異於逼宮，將東晉的危局全扣在司馬道子父子的頭上。司馬元顯看到這封信後，更加恐懼。

張法順對司馬元顯道：“桓玄憑藉家世資望，先吞併殷仲堪和楊佺期，又獨霸荊楚一帶，您所能的控制不過是三吳之地罷了。孫恩為亂，三吳一片狼藉，公私困竭，桓玄一定會乘機作亂。”

司馬元顯憂心忡忡道：“我們該怎麼辦呢？”張法順獻計道：“桓玄剛剛將荊州強搶到手，人心並沒有完全歸附，他正在努力平定局勢，安定民心，沒有功夫考慮別的事。如果乘著這個時候派劉牢之為前鋒，您隨後親率大部征剿，桓玄一定會被消滅。”司馬元顯深以為然。

正好這時武昌太守庾楷因為桓玄與朝廷結怨，他擔心事情失敗後牽連到自己，再次投靠朝廷，派人對司馬元顯道：“桓玄不得人心，部下也不太聽從他的命令，如果朝廷派軍征討，我一定作內應。”

司馬元顯大喜，馬上派張法順到京口去找劉牢之商量。

討伐桓玄？現在合適嗎？有必勝把握嗎？劉牢之並不看好這件事，或者說他不想為司馬元顯賣命，閃爍其詞。

張法順回來後，對司馬元顯道：“我看劉牢之的言色，必定懷有二心，應該把他召到建康來殺掉。不然，他會壞了我們的大事。”

司馬元顯不聽，決定自己單幹。於是，東晉朝廷開始大治水軍，徵選兵卒，裝備戰艦，籌劃討伐桓玄。

孫恩在海上虎視眈眈，劉牢之的態度曖昧不明，三吳百廢待興，司馬元顯卻在這個時候去討伐桓玄，真是在作死。

元興元年（公元402年）正月初一，東晉朝廷下詔歷數桓玄的罪狀，以司馬元顯為驃騎大將軍、征討大都督、都督十八州諸軍事，加黃鉞，以鎮北將軍劉牢之為前鋒都督，以前將軍司馬尚之統率後軍。

出兵之前，司馬元顯打算藉此機會將桓氏家族的人全部誅滅。

中護軍桓修是驃騎長史王誕的外甥，而王誕很得司馬元顯的寵信，他向司馬元顯稟告桓修與桓玄的立場並非一致，司馬元顯最終作罷。

既然說到了王誕，簡單介紹下他。

王誕是王導的曾孫，出身顯貴，出仕即擔任秘書郎，後成為司馬元顯的功曹，透過勾結張法順深受司馬元顯的信任。

張法順又向司馬元顯進言道：“驃騎司馬桓謙兄弟常常充當桓玄的耳目，為桓玄提供情報，應該把他們殺了，杜絕此類事情再次發生。而且此次出軍討伐桓玄，能否達到預期目的，關鍵就在前鋒，但劉牢之為人反覆無常，萬一他那裡發生什麼變化，我們大勢已去。您可以讓劉牢之殺掉桓謙兄弟，來證明他和我們沒有二心。”

司馬元顯道：“如果不是劉牢之，沒有人可以與桓玄對敵。況且剛出兵，便誅殺自己的大將，容易使人心不安。”始終不聽張法順之言。

不僅沒有讓劉牢之殺死桓謙兄弟作為投名狀，司馬元顯還將桓謙由驃騎司馬升為都督荊、益、寧、梁四州諸軍事、荊州刺史。

司馬元顯為什麼要這麼做呢？因為桓謙是桓衝的兒子，而桓衝在鎮守荊州時，深受當地百姓擁戴，又一向忠於朝廷。

司馬元顯想透過重用桓謙，籠絡荊州人心，順便分化桓玄。

事實證明，這完全是想當然，桓謙固然是桓衝的兒子，但他畢竟是桓氏的一份子，絕不可能在關鍵時刻站在司馬氏一邊。

桓玄以為朝廷正處在多事之秋，一定沒有閒暇來討伐自己。所以，他一直在趁此機會積蓄力量，等待時機。

這時，他的堂兄太傅長史桓石生秘密告訴了他這個訊息，桓玄大吃一驚，打算把部隊全部集結到江陵來據守。

長史卞範之勸說道：“明公英威振於遠近，司馬元顯卻是個乳臭未乾的小孩子，劉牢之早已民心盡失，如果我們把大部隊搶先開拔到建康附近。那麼，他們必將土崩瓦解，何苦將敵人引入境內呢？”

桓玄聽從了他的建議，留下桓偉鎮守江陵，向朝廷呈上奏表，並傳檄四方，揭露司馬元顯的罪行，同時揮師向建康進發，司馬元顯大恐。

二月初七，司馬德宗在西池為司馬元顯餞行。司馬元顯因為害怕桓玄，登上戰船後卻不敢出發，拱手讓出主動權。

大張旗鼓的討伐桓玄，事到臨頭了卻不敢出發，司馬元顯這是搬起石頭砸自己的腳，讓天下人看了個天大的笑話。