明朝即薩爾滸之戰大敗後，遼陽、瀋陽相繼失守。直到廣寧潰敗，明軍失去了對整個遼東的控制權，不得不退守遼西。

在這樣艱難困苦的條件下，毛文龍因為金人殺了自己的三百族人與金有不共戴天之仇，遂起始僅僅帶著僅兩百多人的隊伍，在後金的佔領區開創出了大明的根據地。而且在毛文龍的指揮戰鬥下，根據地不斷擴大，兵員不斷增加。僅廣寧失陷的當年，東江鎮就收復了復州、義州這兩大戰略要地；三年過後，東江鎮在遼東的控制區面積，便已超過了遼西；而其部隊的遊擊範圍，更是覆蓋了整個遼東地區，兵鋒直指後金統治區的腹地，包括重鎮遼陽。

之所以數年內後金的勢力地盤都沒有什麼進展，除了毛文龍東江軍的活躍外，關鍵還在於遼東、遼西、蒙古對後金的三面合圍之勢。蒙古的察哈爾部在林丹汗的率領下，一直是明朝的堅定盟友，屢次騷擾後金北部區域。而當後金進軍蒙古草原征討時，毛文龍總是會同時出兵，令後金不得不分兵防守。同樣的，當後金進攻寧遠和錦州時，毛文龍也都會立馬向遼陽進發，寧遠和寧錦兩次所謂“大捷”，除了堅城難下外，毛文龍的配合也是重要的原因。

因此，後金的每次出兵，都不敢盡全力，只能在八旗中出動二至三旗，其餘都需要防守來自另兩方的壓力。

最終毛文龍以一己之力，讓明朝在遼東的局勢起死回生，讓幾十萬遼民免遭屠戮，一手創造起一隻十數萬人的隊伍，給予他們向後金報仇的機會。當關寧鐵騎躲在堅城裡只敢開炮時，東江軍在野外與後金軍野戰纏鬥；當遼西的官員們花幾年的時間和無數的銀兩慢慢地築城，毛文龍在持續以進攻的方式收復失地。對遼西而言，別說遼陽，即使連進攻廣寧都從不曾想，而毛文龍卻多次兵臨遼陽城下，甚至連後金的老巢赫圖阿拉，也被覆蓋在了火力範圍之內。

毛文龍的正一品武將銜，是他靠著赫赫戰功紮紮實實地打拼出來的。就這樣一位大將，竟然被袁崇煥以假傳聖旨，捏造莫須有的十大罪狀給冤殺了。《明清史料》：“毛文龍懸踞海上，糜餉冒功，朝命頻違，節制不受，近復提兵進登，索餉要挾，跋扈叵測，且通夷有跡”，完全是欲加之罪。

綜合以上是故袁崇煥殺毛文龍真正的原因是，因為毛文龍漸漸兵多將廣且常常征伐不斷，故軍費開支頗大，經常向袁崇煥、朝廷討要軍費，言辭較激烈，引起不滿，且不想給；在袁崇煥和朝廷撥付的軍費只是杯水車薪，毛文龍無奈之下差人暗地裡和金人做交易掙錢補充軍需；最主要的原因是袁崇煥的策略主旨是艱守和講和，而毛文龍一直是堅持攻伐、且兵多將廣，有自軍獨大使得袁崇煥不得其便，只有殺了毛文龍才能實施自己的計劃。

毛文龍死後，遼東的廣袤土地，再次淪陷。 毛帥手下的精兵強將，困惑、疑懼、憤怒之餘，紛紛投降。之後清朝赫赫有名的三大藩王：孔有德、耿精忠、尚可喜，就是其中的翹楚。