公元1271年，忽必烈從金與南宋手中奪得中原地區的統治權，從此成為中國大地的又一位新主人。

可是在短短的98年之後，元朝被朱元璋領導的起義推翻了，與遼、金、西夏等少數民族政權不同，末代皇帝元順帝妥歡帖睦爾既沒有戰死，也沒有自殺，而是率領著王族和所剩的軍隊撤退到了自己祖先曾經興起的故地——蒙古高原，在中國完成了一次外來政權全身而退的“奇蹟”。

而事實上，元朝的版圖只算蒙古帝國的一部分，元朝的皇帝又是蒙古帝國的大汗，對於蒙古各大汗國和部落享有宗主權。元朝的覆滅對於蒙古帝國來說，只是損失了中國地區的領土，並不代表蒙古帝國的覆滅。元順帝在回到蒙古高原之後依然是蒙古帝國的大汗！

而退回到蒙古高原的北元殘部並沒有過上平靜的日子，明朝的軍隊依然向著蒙古高原腹地的北元殘部進行了追擊。而元順帝妥歡帖睦爾也最終在1370年逝世於沙拉木倫河畔的應昌。

從1368年開始，明朝不斷派兵北上襲擊北元。

1372年，明朝大將徐達率軍攻向哈拉和林，這是蒙古黃金家族的大本營，是權力和榮耀的象徵，一旦被明軍攻破，蒙古帝國將徹底在世界上消失，因此，蒙古人的抵抗十分激烈。最終，明朝的大軍由於戰線過長，後援不繼，受阻於土拉河畔。

到了1378年，在明朝的不斷進攻下，黃金家族的地位不斷下滑，大多數的蒙古部落宣佈脫離它而自立。而第三任北元皇帝脫古思帖木兒所能控制的領土已經縮小到蒙古帝國最初興起時的規模。

1388年，明朝大將藍玉率10萬大軍在貝爾湖南岸大敗脫古思的軍隊。從此黃金家族失勢。在隨後的10年間，蒙古各部落已經否認了黃金家族的宗主權，並開始向這個傳奇的家族發動進攻！

1399年，乞兒吉斯部首領貴力赤打敗了最後一任北元皇帝額勒伯克，取得了統治各部的霸權。從此，蒙古帝國正式消亡，蒙古各部又重新回到了爭奪蒙古帝國大汗寶座的紛爭當中。