萬曆十年（1582）六月二十日，張居正在北京病逝，享年五十八歲。張居正死後，極盡哀榮。協聞傳來，明神宗“大震悼，輟朝數日”。隨著張居正的離去，張居正的時代結束。在萬曆支援下，張四維、申時行開始了對張居正及其改革群體的清算。對張居正及改革群體的清算，分為三階段，從萬曆十年（1582）六月甲辰到萬曆十二年（1584）八月丙辰為主要清算時期，延續到萬曆十五年0587）三月乙未才基本結束。

第一階段，萬曆十年1582）六月甲辰到十二月圭寅，以彈刻新任內閣大學士潘最為標誌。萬曆十年（1582年）六月庚午，浙江道試御史雷士禎論劫潘晨，明神宗以潘應為張居正遺疏特薦，不準。後給事中張鼎思、王繼光，御史魏允貞、王國等相繼疏參。潘屬不得已被迫疏辭，明神宗令其以新銜致仕。萬曆十一年0583）三月甲申，明神宗命潘晨冠帶閒住。

張居正死後，“其黨益結保自固”。張四維繼任內閣首輔，“知中外積苦居正，欲大收人心”，行寬大之政。且與張居正生前所薦引的王篆、曾省再等交惡，王國光投靠張四維，萬曆十一年（1582）九月，皇l夫子生，張四維疏請“蕩海煩苛，弘敷惠澤”，明神宗嘉納之。於是“張居正黨大懼”，王篆、曾省吾等厚結申時行以為助。＠時馮保想封自己為伯爵，張四維從中作梗，馮保遂厭惡張四維。

王篆、曾省吾得知後，乃厚賄馮保，數暴張四維之短，而使所善御史雲南道櫚史楊寅秋於萬曆十年（1582年）十月丁國疏參吏部尚書王國光六罪，己亥櫚史曹一要又疏論王國光及張四維，申時行擬旨罷王國光。明神宗大怒，詔王國光“落職冠帶閒住，復胡告職”。十二月圭寅，四川道御史孫繼先又疏論刻，明神宗令王國光以原職致仕。張四維上疏乞罷，明神宗帝慰留，乃復起視事。命剛下，御史張問達又張四維。張四維窘迫，乃求馮果，心腹徐爵、張大受賄賂馮呆，馮保對張囚維敵意才稍解。申時行乃滴張問達於外，以安張四維心。張四維以申時行與馮保謀，故銜恨之。不久，中官張誠替馮保，馮果帝眷大衰，張四維乃授意門生李植輩舉發馮保奸狀。馮保及王篆、曾省吾後被逐出朝廷，政局才大變。

第二階段，萬曆十年1582）十二月戊於至丙申，清算物件為工部尚書曾省苦、吏部尚書梁夢龍、吏部侍郎王篆等。第二階段，萬曆十年十二月戊戊至十二年八月丙辰，為清算張居正最主要時期，清算張居正、勞堪、殷正茂、戚繼光、李成梁、張學顏、潘季馴等人。

萬曆十五年（1587）六月己未朔，萬曆還詢問工部“前抄沒張居正房屋曾否有人居住？何久不賣去？”可七時，張居正己去世五年，年輕的萬曆還對他耿耿於懷。綜上所述，對張居正及其追隨者的清算，持續了近五年。在清算過程中，被處罰的高官，約有28人，所清算的各類人物近百人，使得“六卿半易，省署為虛”。